qiime2-2019.1已经发布，程序稳定性越来越好，鉴于官方已经停止支持qiime1，有必要把qiime2的所有细节都理清，学好，这样才能对自己的数据进行实战分析，并将结果运用于实验和生产过程中。发现文档更新也相当快，感谢公众号宏基因组翻译的文档，让我在看许多专业术语方面扫清不少障碍，但是你介于翻译过来的命令却已经过时，还是对照着看最新版的，基本上很少改动，当然，专业英语好的除外。
QIIME2 2019.1发布啦，继续紧跟步伐，看看更新了哪些内容，一并备忘。
这个发布生版本主要针对更新依赖环境，升级到了Python 3.6，一个新的 r-vegan Adonis visualizer，修复了一些小bugs，虚拟机镜像和新的预训练分类器立马可得。
qiime2又双叒叕更新了，看看这次带来什么新的特性，保持关注才能不落伍，内容翻译自qiime2论坛。赶快快乐qiiming吧。
qiime1已经不更新的维护，虽然可以使用，毕竟已经有点过时。学习qiime2还是相当必要的，毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速，以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了，所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。
1.Feature表统计 继续我的qii…
把fastq和fastq.gz数据放在工作文件夹q2studio并不识别，也可能是我的文件命名规律不符合软件的识别规律，不管怎样，为了尝试下图形界面，还是把数据导入qiime做成qza格式试试吧，有点无奈，还是回到了命令行。这个按我上次的那个python脚本解决，https://jiawen.zd200572.com/278.html 。
在装好了q2studio后很困惑，所有的插件都是灰色的，即使切换到有数据的文件夹，一直以为是我的报错（$JAVA_HOME找不到）导致的。由于报错，我还尝试了好几个版本进行测试，可是悲剧的是都有问题，于是祭出杀手锏，上虚拟机了哈哈。比conda还要简单，当然性能也就相对差点了。先运行起来学会再说。于是尝试先试试官方给的那个例子，理解一下是个什么原理。
自从知道了qiime2有了图形界面，一直期待自己能安装测试一下，无奈安装了ubuntu和debian两个linux发行版都在npm安装包的过程中报错失败了，看官网的截图是ubuntu的，我却没有成功。于是我总觉得我的黑果应该可以安装成功。
导入数据之后便是质控了。
这次不用测试数据了，用实际数据跑一下，所以同样重复之前的步骤，把fastq文件压缩下，然后，生成样本数据列表（ps.不知道fastq文件不压缩可不可以用，有空试下）。
最近学习肠道微生物方面的知识，有一部分测序数据需要学习分析。鉴于qiime已经升级为qiime2，还有了图形版本，真是越来越人性化了，但是图形版本还处于原型阶段，测试安装两次以失败告终，可能是我的系统是deepin，通用性不好，如果在原生的ubuntu或许可以安装成功。话说qiime2已经在今年1月份代替qiime1成为官方支持版本，qiime1已经停止维护了，我表示对于我这种几乎没有qiime1使用经验的人来说，直接上手qiime2也不错。