qiime2+biom+qiime1获得16S物种丰度

我们知道,不管是16S等扩增子测序,还是宏基因组,最后最重要的结果,就是物种的丰度情况了,qiime2给出的16S丰度结果是一个计数,对于许多软件来说这是可用的,那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢?

继续阅读 →

娱乐版HLA分型网页升级了

之前做了一个简单的网页,使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据,当然准确性不咋的,也就玩玩,上线后为大约100+人提供了服务,这是伯值得骄傲的事,因为第一次能为大家提供服务。代码我是放在了gitHub的,数据是脚本处理完后自动删除。看网页是不是有点眼熟,这是谷歌中国网页框架,直接搬来的。

继续阅读 →

生物信息学数据管理习题 Python3

这是我两三年前学习过的一本书,我觉得这本书挺好,把生物学的问题直接在python学习中解决了,推荐给大家,之前还整理了习题代码,分享一下。之前分享在了github上,收获了10颗星,惭愧,已经是我最多星的一个。还有一两个习题记得没有解答出来,如果你解答出来了,欢迎交流!代码有的肯定不是最优的,只是一种解答方法,可能有错误,也欢迎指正,谢谢!我坚信分享使我们快乐,加油!我是用python3完成的,当然二者区别也很小(目前我基本只认识到了print函数的区别),除非遇上那种多年不遇的bug。

继续阅读 →

纳米孔16S测序数据分析之blast/last/minimap2流程

最近有朋友和我交流纳米孔16S测序数据的分析,发现真的没有从头完成过一次这方面的数据分析,然后发现这方面的资料也比较少,于是学习一下,和大家分享。坦白说,牛津纳米孔测序技术在16S多样性研究方面还是有些不足的,只能说勉强够用,主要应用场景是在一些现场快速检测方面,主要是病原菌这种。但是,相信随着测序准确度的提高和分析软件的改进,相信它的应用会越来越多。感谢互联网的便利和分享精神,今天的我们可以方便地获得测序的原始数据,并可以自由进行分析。

继续阅读 →

使用纳米孔测序数据进行16S-DNA条形码研究的计算方法[综述]

近年来,已经开发出第三代测序技术,并已与前一种测序策略并行和互补地应用。尤其是,牛津纳米孔技术公司(ONT)推出了纳米孔测序技术,该技术已在分子生态学家中广为流行。纳米孔技术提供了低廉的价格,便携性和快速的测序通量。这项强大的技术最近已通过16S rRNA分析测试,显示出令人鼓舞的结果。但是,与以前的技术相比,缺乏专门用于分析纳米孔16S序列的生物信息学工具和标准。由于其显著的特征,研究人员最近开始在16S rRNA测序研究中对MinION的适用性进行评估,并获得了显蓍的结果。在这里,我们对应用于微生物组研究的MinION技术的最新进展进行了综述。

继续阅读 →