PRS多基因评分教程学习笔记

最近发现PRS是近两年比较热门的领域,从科学家对糖尿病等几种疾病的评分,到23andme对糖尿病的评估,发表的文章也越来越多,有必要学习一下他的基本过程。这里找到了一个比较详细的教程,学习和记录一下。教程是一个毕业于香港大学的博士写的,还是PRS分析软件PRSice-2的作者之一,地址放在这:https://choishingwan.github.io/PRS-Tutorial/ 。这篇教程是以同作者发表在生物预印本上的一篇文章为蓝本写的,教程更加详细,示例数据和步骤详尽,可以保证每个人从头重复到尾,而且分别介绍了三种方法的使用,值得学习一下。教程需要R语言和plink,以及LDpred和lassosum软件。

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幽门螺杆菌检测方法学习笔记

幽门螺杆菌是一个令许多国人谈之色变的话题,特别是当它被证实是一个较强的致癌因子之后。今天,我们对它的认识在加深,只有caga毒力基因阳性的菌株才有强致癌性,而且,身体里有幽门螺杆菌的人,还被发现不容易过敏和胃食管返流。所以,现在普遍认为,只有毒力基因检出时才有必要根除。还有研究发现幽门螺杆菌的易感性与个体的基因有关。

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肠癌早筛学习笔记

我们注意到肠癌,日渐成为大家关注的话题,由于它难以被发现,并且越晚发现治疗效果越差,正逐渐成为大家关注的焦点。最近一直在关注肠癌早筛方面的内容,查阅了一些资料,记一下笔记,备忘,并分享一下!

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使用melonnpan通过扩增子或宏基因组测序数据有效预测微生物群落的代谢图谱

热心肠研究院的这个介绍让我对这个软件产生了好奇,我决定学习一下这个软件的使用,看看它和picrust的区别在哪,picrust2刚刚发布,看看是棋逢对手还是略胜一筹呢。后来发现,好吧,最后发现一个实验室开发的。。。区别在于一个是完全基于已知的参考数据库,而这个目标是发现是大多数(>60%)未注释基因家族与代谢物相对丰度的关联。

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qiime2+picrust1学习笔记

一直迷惑于如何把qiime2和picrust结合起来用来分析16S的数据,直到这两天,看到了微生太公众号的视频教程,才有了眉目,原来如此。详细视频教程可以查找相关公众号获得。前面看到picrust2已经处于beta状态了,其可以嵌入于qiime2中,使用更方便,可是我的试用结果却差强人意,或许是我的使用过程有问题。之前使用picrust1网页版(Glaxy平台,不是三星的那个,是个生物信息云平台软件系统)分析的效果还可以,于是决定用picrust1再试试。

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欣赏下内蒙风光

从导游口中得知,内蒙古分东中西三部分,东部的呼伦贝尔大草原,水草丰茂,是内蒙古最美的地方,只是距离更遥远,成本更高。中部,也就是我这次去的地方,年平均降水量400MM,偏干旱,生态环境相对脆弱,草原容易沙化成沙漠,距离首都北京较近,于是国家搞了精准扶贫,大力发展旅游业,减少畜牲养殖数量,这也是我这次能去此地的原因。许多农牧民加入了合作社,国家补贴恢复草原。虽然眼见的还只是稀疏的草,听当地人说已是多年最好的风光。最西边就是阿拉善沙漠地带了,这里就全是沙漠了,也就是我们每天玩的马首富的蚂蚁森林的所在地,不得不感叹在这件事情上马总的公益性。

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画个草原之旅路线图

这周的六天时间,去了祖国的内蒙古,体验了草原的辽阔,人民的好客,精准扶贫开发的进展。由于报了个以大巴车为主要交通工具的团,行程两千公里以上,跨越半个中国,我突发奇想觉得画个路线图是一个多么好玩的事,于是,我一路上用地图记录经过和几个大的地点,决定使用R语言来画个图看看。

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HLA百科(转载)

人类白细胞抗原(英语:human leukocyte antigen,缩写为HLA),是编码人类的主要组织兼容性复合体(MHC)的基因。其位于6号染色体的短臂上(6p21.31),包括一系列紧密连锁的基因座,与人类的免疫系统功能密切相关。其中部分基因编码细胞表面抗原,成为每个人的细胞不可混淆的“特征”,是免疫系统区分自身和异体物质的基础。HLA基因高度多态化,存在许多不同的等位基因, 从而细致调控后天免疫系统。

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