使用melonnpan通过扩增子或宏基因组测序数据有效预测微生物群落的代谢图谱

热心肠研究院的这个介绍让我对这个软件产生了好奇,我决定学习一下这个软件的使用,看看它和picrust的区别在哪,picrust2刚刚发布,看看是棋逢对手还是略胜一筹呢。后来发现,好吧,最后发现一个实验室开发的。。。区别在于一个是完全基于已知的参考数据库,而这个目标是发现是大多数(>60%)未注释基因家族与代谢物相对丰度的关联。

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qiime2+picrust1学习笔记

一直迷惑于如何把qiime2和picrust结合起来用来分析16S的数据,直到这两天,看到了微生太公众号的视频教程,才有了眉目,原来如此。详细视频教程可以查找相关公众号获得。前面看到picrust2已经处于beta状态了,其可以嵌入于qiime2中,使用更方便,可是我的试用结果却差强人意,或许是我的使用过程有问题。之前使用picrust1网页版(Glaxy平台,不是三星的那个,是个生物信息云平台软件系统)分析的效果还可以,于是决定用picrust1再试试。

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欣赏下内蒙风光

从导游口中得知,内蒙古分东中西三部分,东部的呼伦贝尔大草原,水草丰茂,是内蒙古最美的地方,只是距离更遥远,成本更高。中部,也就是我这次去的地方,年平均降水量400MM,偏干旱,生态环境相对脆弱,草原容易沙化成沙漠,距离首都北京较近,于是国家搞了精准扶贫,大力发展旅游业,减少畜牲养殖数量,这也是我这次能去此地的原因。许多农牧民加入了合作社,国家补贴恢复草原。虽然眼见的还只是稀疏的草,听当地人说已是多年最好的风光。最西边就是阿拉善沙漠地带了,这里就全是沙漠了,也就是我们每天玩的马首富的蚂蚁森林的所在地,不得不感叹在这件事情上马总的公益性。

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画个草原之旅路线图

这周的六天时间,去了祖国的内蒙古,体验了草原的辽阔,人民的好客,精准扶贫开发的进展。由于报了个以大巴车为主要交通工具的团,行程两千公里以上,跨越半个中国,我突发奇想觉得画个路线图是一个多么好玩的事,于是,我一路上用地图记录经过和几个大的地点,决定使用R语言来画个图看看。

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HLA百科(转载)

人类白细胞抗原(英语:human leukocyte antigen,缩写为HLA),是编码人类的主要组织兼容性复合体(MHC)的基因。其位于6号染色体的短臂上(6p21.31),包括一系列紧密连锁的基因座,与人类的免疫系统功能密切相关。其中部分基因编码细胞表面抗原,成为每个人的细胞不可混淆的“特征”,是免疫系统区分自身和异体物质的基础。HLA基因高度多态化,存在许多不同的等位基因, 从而细致调控后天免疫系统。

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Nanopore牛津纳米孔测16S学习笔记

身处这样一个互联网时代,应当感恩技术带来的便利,从在一个地方不远游就只能是井底之蛙,到今天互联网让我们不出门知天下事,当然,假消息也有。虽然现在许多事和技能仍然需要项目实践,但是不得不说,知识已经不再是一种稀缺的资源,需要时间训练的技能才是。我们应该充分利用好这个时代提供给我们的便利,努力学习和思考。

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《基因组–人类自传》读书笔记

最近偶然在南图生物书架上看到了这本书,之前拿到的是电子版,一直没有读起来。现在,终于读完了,记录一下收获和感受。看了下英文原版的信息,这本书成书于1999年,人类基因组计划完成的前夜,而中译本于2015年才译成出版,虽然隔了十几年,但是依然能出版畅销,可以看出书的意义还是挺大,基本内容和框架不会随着时间的消逝而失色。就像当年《自私的基因的》,时隔几十年,图书依然畅销,并认为是最近几十年最伟大的进化学著作,其提出的思想依然给人以深深地振撼,本书作者也提到了这本著作,还提到平克为了反搞自私的基因没有生育。

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Android开发之HelloWorld

最近对移动开发比较好奇,探索一下移动开发是怎样一个过程,作为一个不是专业毕业的人,可能开发是不太现实,至少我们可以了解移动开发是怎样一回事,有助于我们的工作学习和生活。之前的IOS探索很无语地止步于价值$99美元的苹果开发者税,毕竟,不是开发人员没必要买会员,因为书里面的内容涉及到了iCloud和Map,我的水平不足以实现完全去除这两个功能,暂时告一段落,后面可能会继续尝试,生命不息,折腾不止嘛。

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