Sliverwork图形化流程使用笔记

图形化生信分析是未来趋势,已经有多家公司开始开发生信分析的图形化解决方案,既有云计算,也有分析一体机,但是好像基本上都推广的不怎么成功。有其封闭性的原因,还有可能是售价太高,对一般公司来说不如多招个生信工程师更划得来,后者还能解决具体问题,比如软件运行过程中的报错,参数可变的个性化分析。

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数字PCR学习笔记

最近从南图借了本关于数字PCR的书,学习了下相关知识,了解了下数字pcr的行业情况,记个笔记备忘,同时分享一下所得。书名是《数字PCR–原理、技术和应用》,主编是彭年才,2017年出版的。

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PRS多基因风险评分的几个算法

之前体验了一下[impute.me](http://www.impute.me/ “impute.me”)的基因检测分析服务,其内容之丰富和详尽让我感到吃惊。基本上涵盖了几乎所有有影响的GWAS研究结果(GWAS-Catalog等来源),于是我感到很好奇,他的评估计算方法,于是再次打开其开源的github地址,找到了一些内容,学习一下。再次为这个项目点赞!

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使用jupyter lab愉快地编程

最近发现生信技能树VIP论坛群里在讨论jupyter lab这么一个工具,内心想尝试一下,毕竟一个好工具或许就可以改变你的学习态度和进程,工欲善其事,必先利其器嘛。我使用了这个工具之后,感觉又重新燃起了对R语言的学习热情呢。当然,手上的技能树讲义讲得好也至关重要。下面就说说我安装使用这个工具遇到的一点问题和解决的过程。

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PRS多基因评分教程学习笔记

最近发现PRS是近两年比较热门的领域,从科学家对糖尿病等几种疾病的评分,到23andme对糖尿病的评估,发表的文章也越来越多,有必要学习一下他的基本过程。这里找到了一个比较详细的教程,学习和记录一下。教程是一个毕业于香港大学的博士写的,还是PRS分析软件PRSice-2的作者之一,地址放在这:https://choishingwan.github.io/PRS-Tutorial/ 。这篇教程是以同作者发表在生物预印本上的一篇文章为蓝本写的,教程更加详细,示例数据和步骤详尽,可以保证每个人从头重复到尾,而且分别介绍了三种方法的使用,值得学习一下。教程需要R语言和plink,以及LDpred和lassosum软件。

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