ubiome类似数据dada2处理探索6

前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据,首先双向reads根据质量情况分别切成120bp,然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接,生成ASV表,再分别使用dada2包,decipher包和qiime2进行了物种注释,基本上完成了一个最简单的分析过程。这里填下自己之前挖的坑,比较一下这个含有348条序列的样本,qiime2,dada2和的分类器哪个效果更好。

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ubiome类似数据dada2处理探索5

前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据,首先双向reads根据质量情况分别切成120bp,然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接,生成ASV表,再分别使用dada2包和qiime2进行了物种注释,基本上完成了一个最简单的分析过程,这里,使用比较流行的phyloseq包进行下多样性分析。

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2019已走,总结我有

2019已经与我们擦肩而过,响应jimmy号召,把总结提前到这两天写好。一份总结,可以从多个方面入手,工作的、学习的(一般也和工作内容相关的)、生活的,主要写下学习方面的吧!

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ubiome类似数据dada2处理探索2

还是接着之前的事说,首先,在researchgte网站上发现了一个小“新大陆”,说可以把不能很好拼接的数据直接N连接处理。这里就先按软件默认的加几个N了,虽然拼接率有3%。。。然后,找到了直接加N的软件,不重复造轮子,自己写拼接脚本还是要费半天时间的,不如用工具,既好又准。

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安卓手机安装linux充当“生产力”的idea

最近偶然发现不管使用Maru OS(一个通过内置LXC后台运行实现安卓和linux共存的系统)和linux deploy(需要root),使用VNC监视器操作这个手机内置的linux操作系统,因为手机暂时没发现可以以有线网络连接电脑,所以延迟是比较严重的,延迟到几乎不能用的地步。当然,Maru OS在一台支持usb输出hdmi/VGA的手机上,可以直接输出到有线显示屏,这样延迟几乎没有了。估计现在技术的进步,无线投屏也是基本上延迟很小的,比如最近ipad-mac的sidebar。

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