宏基因组学习笔记2

宏基因组研究的目的是通过对菌种(株)的鉴定,获得真实的多样性数据,功能,协作和进化。宏基因组分析的三个任务是物种分析(它们是谁),功能分析(能干什么,潜力),比较分析(怎么比较它们)。

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windows 10 WSL2 配置

最近手上有了一台新的红米笔记本16英寸,r7-4700u-16G的电脑,比起之前的thinkpad E431性能有了不小的提升,八核心八线程,多线程处理速度相比之前的双核4线程要强了不止两倍,虽然同样16DG的内存,频率也从1600MHz DDR3变为2600MHz了,别的不提,只16S降噪生成特征表的步步骤,速度就提升明显,八核心左右的运算任务,暂时就不需要再开云服务进行了。

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使用R语言获得16S物种丰度

还是获得16S物种丰度得老问题,最近在一台新机器上安装qiime1,发现有报错,对于这种停止维护的软件,也是正常现象吧,于是想别的办法解决,恰巧最近读R几本R语言的入门书,发现prop.table()这个函数是可以实现相关功能的,于是学习使用下。可能你早已会做这个啦,还是分享一下,看看有没有人需要。

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qiime2+biom+qiime1获得16S物种丰度

我们知道,不管是16S等扩增子测序,还是宏基因组,最后最重要的结果,就是物种的丰度情况了,qiime2给出的16S丰度结果是一个计数,对于许多软件来说这是可用的,那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢?

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娱乐版HLA分型网页升级了

之前做了一个简单的网页,使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据,当然准确性不咋的,也就玩玩,上线后为大约100+人提供了服务,这是伯值得骄傲的事,因为第一次能为大家提供服务。代码我是放在了gitHub的,数据是脚本处理完后自动删除。看网页是不是有点眼熟,这是谷歌中国网页框架,直接搬来的。

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