总结2018

2018就这样过去了,回顾一下自己所写的博客和公众号推文,当然推文是来自博客的。感谢一切,我能快乐地写这么多,感谢曾经学习过的每篇博文和公众号,感谢大神们的努力,才让我等小喽啰可以找点东西写写。2019,加油!

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R包decontam学习笔记

这两天的工作都是从早上打开热心肠日报开始的,不得不说基本上每天干货满满呀,每天一篇给力的综述的节奏。ps,发现ubiome的科学家和志愿者也在维护着一个国外版的热心肠日报,地址放在这:https://microbiomedigest.com/ 值得点赞,英语好的同鞋可以参考参考,不知道国内的灵感是不是来自这个,但是平心而论,国内的做得已经水平不次于国外的了。 很感谢这些人,为大众做着科普的事情,有许多人把今天的生命科学比做几十年前的计算机产业,当年,计算机还是庞然大特,像供神一样地供在一间特殊的房间,多么像今天的测序仪呀。而牛津纳米孔,直接把测序仪缩小到了手持设备的级别,简直从当年的大型机飞跃到了今天的智能手机呀!相信未来,测序仪会像手机一样人手一部来检测自己的各项基因、蛋白和代谢指标,这才是精准医学嘛。

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[译]如何理解你的肠道微生物检测报告和数据

作者提到了在国外几个较早的肠道菌检测机构和平台,美国肠道计划AGP,uBiome,Atlasbiomed,这三家,是西方人能做的其中几个。 然后,作者强调了HLA的重要性,举了几个例子,如类风湿,与Prophyromonas(拟杆菌门)相关。强直性脊柱炎与HLA-B27的关系,与Kleibsiella菌属感染有关。多发性硬化症,疲劳综合征与支原体;莱姆病与包柔氏螺旋体相关,HLA-DR15,16可抵抗。HLA-DR4可抵抗沟鞭藻类的感染,其他的还有比如23andme把HLA分型用于预测牛皮癣的概率。 插句题外话,如果你有snp芯片的原始数据,可以娱乐性的帮你分出你的HLA型,准确率不够高,但是也能用了。地址在这:https://jiawen.zd200572.com/hla/HLA%E5%88%86%E5%9E%8B%E5%99%A81.html

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探索消费级基因检测–祖源

祖源是消费级基因检测比较感兴趣的问题,今天我也来学习一下那如何做一个简陋的祖源分析。使用的是SPA(Spatial Ancestry analysis)这个软件,在google中搜索基因型填充无意中搜到了这个软件,由几个作者写成,第一作者还是华人,有点骄傲,可惜没有针对中国人或者东亚人的模型,只有世界和欧洲人的模型,瞬间又觉得有点失落,好在许多中国公司在积累了几万以上的数据后也开始进行中国人自己的模型构建,而且做得还不错。

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qiime2和美国肠道计划学习笔记

qiime2正在从一个单纯的marker gene分析软件向代谢组学和基因组学发展,并且,正逐步形成一个生态系统,方便任何开发者为之开发插件。.qza和.qzv其实是标准的zip格式,可以方便解压得到数据,和之前一直以为的qiime2是封闭的,不让人把数据解开的印象完全不一样嘛。

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