qiime2-2019.1更新学习笔记

QIIME2 2019.1发布啦,继续紧跟步伐,看看更新了哪些内容,一并备忘。
这个发布生版本主要针对更新依赖环境,升级到了Python 3.6,一个新的 r-vegan Adonis visualizer,修复了一些小bugs,虚拟机镜像和新的预训练分类器立马可得。后面qiime2的发布节奏会是这样的:

  1. QIIME 2 2019.4
  2. QIIME 2 2019.7
  3. QIIME 2 2019.10
    下面看一下这次发布有哪些亮点:
  4. QIIME 2 Framework
    qiime2环境用上了最新版的scipy, numpy, pandas, and matplotlib包。
  5. 文档
    更新了Atacama 教程的参考文献
  6. Library
    针对软件开发者的bug修复。
  7. q2cli
    纠正当使用qiime tools export导出时的跨设备链接错误,一般是由于/tmp挂载在一个不同的文件系统导致。
  8. q2-longitudinal
    更新了插件引用以反映最终发布状态。
  9. q2-types
    1)在使用元数据对象的QIIME2操作中,FeatureTables可以在qiime2中用作元数据。确保您输入的表格方向正确!FeatureTables的默认方向支持将其用作示例元数据。使用新的转置操作(见下文)将FeatureTables用作feature元数据。
    2)已更新用于确保AlphaDiversityFormat文件性能良好的验证器。此格式现在遇到问题时返回一条明确的错误消息。
  10. q2-feature-classifier
    两个class-consensus-*方法现在都有一个query_cov参数,可以根据查询覆盖率筛选对齐结果。
  11. q2-feature-table
    添加了一个新方法(Transpose),该方法允许您转置FeatureTable[Frequence]的行和列.
  12. q2-gneiss
    修复了ilr-phylogenetic中的一个错误,其中不匹配的表和树会引起错误。
  13. q2-diversity
    1)修复了在某些环境中导致错误检测可用核心数量的错误,该错误在一些方法中会导致虚假错误。
    2)添加了一个新的可视化工具Adonis,它包装了Vegan1R包中的Adonis功能。此可视化工具执行Adonis(又名Adonis)。PERMANOVA)测试。与Beta-Group-Implementation操作不同,Adonis可以执行多路PERMANOVA测试,并且可以对数值变量进行操作。它不生成图或执行成对测试,因此β组显著性操作仍然是单向PERMANOVA测试的最佳方法。
  14. q2-metadata
    修复了表格中的UI错误,呈现的表格现在可以更清楚地指示哪个列排序小部件属于哪个列标签。
    相关项目
    iTOL增加了对FeatureData[AlignedSequence]的QZA的支持。当放置到iTOL树上时,这些树将自动创建多序列比对数据集。请注意,圆形或无根模式不支持iTOL中路线的显示。

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