纳米孔(Oxford Nanopore)测序仪的学习笔记

最近学习了测序中国探基学院的相关课程，关于纳米孔(Oxford Nanopore)测序仪，由诺禾致源的工作人员主讲，收获了一些知识，在此记录一下。他们讲的内容多了一些实践相关的经验，值得学习。

关于纳米孔测序仪的性能指标

• 1.准确度已经从R6试剂的70%提升到了现在的95%。
• 2.建库起始DNA量建议大于10微克。

关于建库方式

• 1D

  Ligation 1D + Barcode–损伤修复–末端制备–1D蛋白–PCR-free或者PCR测序(后者适用于样品少的情况)。

• Rapid
  十分钟完成，适用于野外等情况，转座复合体（切DNA）+测序接头直接测序，测序读长会变短。实验室不推荐使用。
• 未来
  R10, Reader Heads *2，读两次，75X测序深度可以达到Q50;

    Flip-Flop，R9--Q37 99.98%，R10，Q42,99.99%，可以看到它的准确性正在逐步提高。

• LCS共线性的建库方法
  类似Pacbio，循环测序一条序列，官方已淘汰

关于提取大片段的DNA

可以使用核分离（10X Genomics的方法），或者琼脂糖包埋（BioNano的方法），使用宽枪头或者把枪头前端剪宽点。

几点经验

• 1.质量低，上样量低=产出低
• 2.DNA质量长度要>30kb，并且无胶污污染（应该指的是跑胶没有明亮的蛋白那种残留），不粘稠，Buffer不含表面活性剂，防止堵住纳米孔。
• 3.如果DNA只有100-500ng，打断处理可以提高产出。