1. 序列质控及Feature表构建

导入数据之后便是质控了。

这次不用测试数据了，用实际数据跑一下，所以同样重复之前的步骤，把fastq文件压缩下，然后，生成样本数据列表（ps.不知道fastq文件不压缩可不可以用，有空试下）。依然参考自上篇的统计咨询公众号的文章代码如下：

主要作用是去除低质量序列、嵌合体；再生成OTU表，现在叫Feature表，因为不再使用聚类方法，相当于QIIME时代100%相似度的OTU表。–QIIME2中文帮助文档

gzip *  #gzip压缩文件夹里所有的数据
source activate qiime2-2018.2 #激活qiime2环境
##1## import data
qiime tools import  \
 --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]'  \
 --input-path 171213_16s-manifest  \
 --output-path 171213_16s.qza  \
 --source-format PairedEndFastqManifestPhred33
##2## quality control
#visualization
qiime demux summarize \
--i-data 171213_16s.qza\
 --o-visualization 171213_16s.qzv
##3##filter 聚类
qiime dada2 denoise-paired \
--i-demultiplexed-seqs 171213_16s.qza \
--p-trunc-len-f 0 \
--p-trunc-len-r 0 \
--o-representative-sequences rep-seqs-dada2.qza \ #输出feature表代表序列
--o-table table-dada2.qza \ #输出表
--p-n-threads 36 #36线程，服务器是40线程的
#qzv 可视化
qiime feature-table summarize \
--i-table table-dada2.qza \
--o-visualization table-dada2.qzv

2.导出数据

这里顺便学习一下导出数据，毕竟qiime2全部是专有格式的文件，不导出没办法在外部查看。到这里，没有中文的相关参考了，直接去学习qiime2官方文档。命令比较简单，就是qiime tools export 后面加上文件等参数就行了。

qiime tools export \
  feature-table.qza \
  --output-dir exported-feature-table

运行后导出了一个biom格式的文件。还是比较亲切的格式。

3.metadata 实验设计

文档介绍说类似于qiime1的mappingfile，只不过是tsv格式的，还兼容mapping文件的。文件长得这样：

这个文件对于我来说好你暂时没有用到，所以暂时没有创建，不知道后边会不会卡脖子，因为我用到的是分好的样品数据，没有进行分数据的步骤。