qiime2图形界面安装学习笔记

自从知道了qiime2有了图形界面,一直期待自己能安装测试一下,无奈安装了ubuntu和debian两个linux发行版都在npm安装包的过程中报错失败了,看官网的截图是ubuntu的,我却没有成功。于是我总觉得我的黑果应该可以安装成功。因为某果很封闭,软件统一性较高,我是这样觉得的,软件体验应该比较好(PS.我不是果粉,对苹果持中立态度,也坚信开源,所以我在大神的资料下装了黑果,也足够用了)。而各种linux发行版虽然比较自由,也存在着碎片化,虽然debian、ubuntu、cent等已经足够简单易用,并且兼容性不错了,但是linux/gnu生态仍需要加油啊!

单说我这次的安装过程,miniconda是以前安装好的,就按着官网的步骤来了,当然,国内的网络环境连接国外,镜像是必须的,上中科大或者清华源(据说中科大的bioconda源比较稳定,我是两个都添加了),在家里我是移动宽带,网速看心情啦。这次的安装还算比较顺利的,尝试了几次之后就成功了。这个时候,就必须要先删掉环境再使用yaml文件重新安装了。代码官网都一一给出了。地址放地这:https://docs.qiime2.org/2018.4/install/native/#install-qiime-2-within-a-conda-environment

1.莫名的错误

安装完2018.4版后,激活环境时,报了两个错,大概是找不到java,但是还没有使用,不知道有没有影响,可能是系统安装了两个java冲突。错误如下:

source activate qiime2-2018.4
/Users/zd200572/miniconda3/envs/qiime2-2018.4/etc/conda/activate.d/activate_qiime2_envs.sh:5: no matches found: PYTHONNOUSERSITE=/Users/zd200572/miniconda3/envs/qiime2-2018.4/lib/python*/site-packages/

/Users/zd200572/miniconda3/envs/qiime2-2018.4/etc/conda/activate.d/java_home.sh:7: = not found

 

2. 战战兢兢地继续安装

 


怀着忐忑的心情,带着这个错误,继续按官网的教程安装,node选择用brew安装,感觉这样几乎不会报错,brew install node 然后下载q2studio软件包,解压,进入这个文件夹,安装pip python包之前也是没问题的,安装npm的包,这次有十几个warning,和上次一样,但是从头到尾没报错,成功。

3.简单看一下

先来欣赏一下漂亮的界面,当然开头就说是一个产品原型,还没有正式发布,有一些功能没有。但是,图形界面意味着每一个生物工作者都可以用的生物信息工具。显然,以后大部分生物信息的工作是界面友好的,而且测序技术在进步,数据越来越好,处理也越来越简单了。

 

 

  1. 好了,工具好了,后面可以测试一下简单的数据分析了。下次见!

发表评论

电子邮件地址不会被公开。 必填项已用*标注