还是获得16S物种丰度得老问题，最近在一台新机器上安装qiime1，发现有报错，对于这种停止维护的软件，也是正常现象吧，于是想别的办法解决，恰巧最近读R几本R语言的入门书，发现prop.table()这个函数是可以实现相关功能的，于是学习使用下。可能你早已会做这个啦，还是分享一下，看看有没有人需要。
这是我两三年前学习过的一本书，我觉得这本书挺好，把生物学的问题直接在python学习中解决了，推荐给大家，之前还整理了习题代码，分享一下。之前分享在了github上，收获了10颗星，惭愧，已经是我最多星的一个。还有一两个习题记得没有解答出来，如果你解答出来了，欢迎交流！代码有的肯定不是最优的，只是一种解答方法，可能有错误，也欢迎指正，谢谢！我坚信分享使我们快乐，加油！我是用python3完成的，当然二者区别也很小（目前我基本只认识到了print函数的区别），除非遇上那种多年不遇的bug。
继续前面的学习，前面已经把软件安装完成，数据库准备好，下面就是分析的过程了，基本上按照原文的命令进行的，由于教程中没有给出tara_f135_full_megahit.fasta这个文件，这里我们就把这几个样本的组装提到了前面，自己组装获得这个序列，然后再进行物种注释。
前面提到，已经有家公司通过宏转录组(Metatranscriptomics)测序检测肠道微生物，面向消费者提供检测服务。对宏转录组充满了好奇，有这样的比方说，**宏基因组可以告诉我们这个微生物群落可能有什么样的功能（潜能），宏转录组就是告诉我们群落正在做什么**，相比宏基因组的眉毛胡子一把抓，宏转录组是更针对当下的结果。由于测序的目标序列少了很多，结果不是变态大，对计算机的配置要求也相对降低。苦于想学宏基因组暂时没有服务器的我，就退而求其次试试宏转录组了，相信不会让我失望。之前学习过单转录组数据的分析，一般的笔记本（双核，8g ram）扛了下来。鉴于中文网络上能找到的宏转录组教程基本没有，只在Github上搜索到两个，选其中一个学习下。
到目前为止，我们已经完成了所有工作，并复制并粘贴了许多命令来完成所需的操作。这可行！但是也可能很耗时，并且更容易出错。接下来，我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。
前面做的许多处理基本上自己拼凑来的，下面再看下完整解决方案。researchgate网站上有人说qiime1版本有这个双向数据配对不拼接的选项？这个没找到。主要发现了有两个方案，一个是有篇文章提出了一个流程*Hybrid-denovo*，还有一篇peer review的文章，几个人评议还有一个人不同意，anyway，都看下。
最近有需求需要把很多excel里的引物序…
最近发现生信技能树VIP论坛群里在讨论jupyter lab这么一个工具，内心想尝试一下，毕竟一个好工具或许就可以改变你的学习态度和进程，工欲善其事，必先利其器嘛。我使用了这个工具之后，感觉又重新燃起了对R语言的学习热情呢。当然，手上的技能树讲义讲得好也至关重要。下面就说说我安装使用这个工具遇到的一点问题和解决的过程。
尝试再现Nano-Ampli文章的数据分析过程，由于原始数据不完整，可能有参数没列出等原因，没有成功再现出结果，理了理流程，欢迎大家指正，交流。
最近工作用到了一些回归分析方面的知识，整理一下，放在这里备忘。主要是简单的多元线性回归和分位数回归两种，基本上都只需要几个R语言命令就能解决了。