使用纳米孔测序数据进行16S-DNA条形码研究的计算方法[综述]

近年来,已经开发出第三代测序技术,并已与前一种测序策略并行和互补地应用。尤其是,牛津纳米孔技术公司(ONT)推出了纳米孔测序技术,该技术已在分子生态学家中广为流行。纳米孔技术提供了低廉的价格,便携性和快速的测序通量。这项强大的技术最近已通过16S rRNA分析测试,显示出令人鼓舞的结果。但是,与以前的技术相比,缺乏专门用于分析纳米孔16S序列的生物信息学工具和标准。由于其显著的特征,研究人员最近开始在16S rRNA测序研究中对MinION的适用性进行评估,并获得了显蓍的结果。在这里,我们对应用于微生物组研究的MinION技术的最新进展进行了综述。

继续阅读 →

2019年主流测序仪参数对比

大浪淘沙,好多基因测序仪厂家已经被历史的车轮甩在了滚滚红尘里,还余下几家大的公司屹立在市场上,有的正在垄断市场(Illumina),有的是正在急速掘起的翘楚(Oxford Nanopore, Pacbio),还有的是国产的希望(华大智造)。今天,让我们来再看一下它们主流机器的参数,来对比下机器的性能。

继续阅读 →