qiime2-cli更新学习笔记

https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-8-release-is-now-live/5860

qiime1已经不更新的维护,虽然可以使用,毕竟已经有点过时。学习qiime2还是相当必要的,毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速,以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了,所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。

一、2018.8更新–重大更改(breaking changes)

当你在bash或者zsh中激活conda环境时,tab自动补全功能会自动可用。

1、qiime tools import命令

–source-format 选项重命名为--input-format

qiime tools import \
  --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
  --input-path pe-64-manifest \
  --output-path paired-end-demux.qza \
  --input-format PairedEndFastqManifestPhred6

2.qiime tools export

input选项被--input-path 选项代替,  --output-dir 选项重命名为--output-path

qiime tools export \
  --input-path unrooted-tree.qza \
  --output-path exported-tree

3.qiime tools extract

同样是input选项被--input-path 选项代替,  --output-dir 选项重命名为--output-path

qiime tools extract \
  --input-path feature-table.qza
  --output-path extracted-feature-table

二、2018.6更新

更正了一个bug,q2-cutadapt插件的trim-paired命令会错误的执行trim。没有发现其他大的更新。

三、2018.4更新

  • 增加了一个命令qiime tools citations ,可以打印相关Artifact或者Visualization结果,过括最早的引用文献。只会给出这个或者更新的版本用到的,不会给出之前版本的。
  • 增加了一个–citations标签,可以这样使用,qiime <plugin> --citations 和 qiime <plugin> <action> --citations。会给出一个BibTeX格式的参考文献。
  • qiime info –citations被移去,原因是以上选项代替了。
  • 修复–verbose不能经常给出期望输出。

四、2018.2

  • metadata改动,之前qiime2接受metadata的选项结尾是-category,现在改为-column,例如–m-metadata-category –>–m-metadata-column。继续用原来的命令会报错。
  • 增加了一个子命令qiime tools inspect-metadata! ,用来检查metadata的可用性。
  • metadata格式的变化(新格式基本兼容前面格式,包括qiime1的):1.必须的文件头。 大小写不敏感的有:
    • id
    • sampleid
    • sample id
    • sample-id
    • featureid
    • feature id
    • feature-id
    大小写敏感的 (主要是为了兼容 QIIME 1, biom格式和 Qiita文件):
    • #SampleID
    • #Sample ID
    • #OTUID
    • #OTU ID
    • sample_name
     
  • 2.缺失的数据,用一个空单元格代替,NAnan等不再y认为是数据缺失。
  • 3.之前不好区分一列是数字型的数据还是分类型的数据(如果分类型的数据也全是数字的话)。这里增加一列特别注释指示,允许用户指定一个列的类型。比如这个表的第二列:
  • #SampleID Subject BodySite DaysSinceExperimentStart
    #q2:types categorical categorical numeric
    sample-1 1 gut 20
    sample-2 1 tongue 25
    sample-3 2 gut 15
    sample-4 2 tongue 42

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