将qiime2学习进行到底2

发现自己还是比较菜的,不能在qiime2的结果文件里进行较好的操作来达到获得各种属相对丰度的表,于是决定把数据导出到biom和txt格式来进行后续操作。这样就可以利用qiime2的新算法的优势,和之前已有的宏基因组公众号上介绍的流程来进行后续操作。毕竟,对于16S扩增子分析最重要的就是获得物种分类丰度信息。

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将QIIME2学习进行到底

qiime2-2019.1已经发布,程序稳定性越来越好,鉴于官方已经停止支持qiime1,有必要把qiime2的所有细节都理清,学好,这样才能对自己的数据进行实战分析,并将结果运用于实验和生产过程中。发现文档更新也相当快,感谢公众号宏基因组翻译的文档,让我在看许多专业术语方面扫清不少障碍,但是你介于翻译过来的命令却已经过时,还是对照着看最新版的,基本上很少改动,当然,专业英语好的除外。

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qiime2-2019.1更新学习笔记

QIIME2 2019.1发布啦,继续紧跟步伐,看看更新了哪些内容,一并备忘。
这个发布生版本主要针对更新依赖环境,升级到了Python 3.6,一个新的 r-vegan Adonis visualizer,修复了一些小bugs,虚拟机镜像和新的预训练分类器立马可得。

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qiime2-cli更新学习笔记

qiime1已经不更新的维护,虽然可以使用,毕竟已经有点过时。学习qiime2还是相当必要的,毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速,以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了,所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。

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qiime2图形界面版(q2studio)学习笔记三

把fastq和fastq.gz数据放在工作文件夹q2studio并不识别,也可能是我的文件命名规律不符合软件的识别规律,不管怎样,为了尝试下图形界面,还是把数据导入qiime做成qza格式试试吧,有点无奈,还是回到了命令行。这个按我上次的那个python脚本解决,https://jiawen.zd200572.com/278.html 。

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qiime2图形界面学习笔记二

在装好了q2studio后很困惑,所有的插件都是灰色的,即使切换到有数据的文件夹,一直以为是我的报错($JAVA_HOME找不到)导致的。由于报错,我还尝试了好几个版本进行测试,可是悲剧的是都有问题,于是祭出杀手锏,上虚拟机了哈哈。比conda还要简单,当然性能也就相对差点了。先运行起来学会再说。于是尝试先试试官方给的那个例子,理解一下是个什么原理。

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