久等了的QIIME 2 2020.2 更新来了

QIIME 2 2020.2 更新踩着2月的尾巴来了!疫情仍在,学习的好时光呀,加油!这次更新有一些小的命令更改,已经把需要关注的重点更新突出显示。官方提醒下一次的更新发布是QIIME 2 2020.5,请持续关注更新。

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ubiome类似数据dada2处理探索6

前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据,首先双向reads根据质量情况分别切成120bp,然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接,生成ASV表,再分别使用dada2包,decipher包和qiime2进行了物种注释,基本上完成了一个最简单的分析过程。这里填下自己之前挖的坑,比较一下这个含有348条序列的样本,qiime2,dada2和的分类器哪个效果更好。

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ubiome类似数据dada2处理探索5

前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据,首先双向reads根据质量情况分别切成120bp,然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接,生成ASV表,再分别使用dada2包和qiime2进行了物种注释,基本上完成了一个最简单的分析过程,这里,使用比较流行的phyloseq包进行下多样性分析。

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将qiime2学习进行到底2

发现自己还是比较菜的,不能在qiime2的结果文件里进行较好的操作来达到获得各种属相对丰度的表,于是决定把数据导出到biom和txt格式来进行后续操作。这样就可以利用qiime2的新算法的优势,和之前已有的宏基因组公众号上介绍的流程来进行后续操作。毕竟,对于16S扩增子分析最重要的就是获得物种分类丰度信息。

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将QIIME2学习进行到底

qiime2-2019.1已经发布,程序稳定性越来越好,鉴于官方已经停止支持qiime1,有必要把qiime2的所有细节都理清,学好,这样才能对自己的数据进行实战分析,并将结果运用于实验和生产过程中。发现文档更新也相当快,感谢公众号宏基因组翻译的文档,让我在看许多专业术语方面扫清不少障碍,但是你介于翻译过来的命令却已经过时,还是对照着看最新版的,基本上很少改动,当然,专业英语好的除外。

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