ubiome类似数据dada2处理探索2

还是接着之前的事说,首先,在researchgte网站上发现了一个小“新大陆”,说可以把不能很好拼接的数据直接N连接处理。这里就先按软件默认的加几个N了,虽然拼接率有3%。。。然后,找到了直接加N的软件,不重复造轮子,自己写拼接脚本还是要费半天时间的,不如用工具,既好又准。

继续阅读 →

画个草原之旅路线图

这周的六天时间,去了祖国的内蒙古,体验了草原的辽阔,人民的好客,精准扶贫开发的进展。由于报了个以大巴车为主要交通工具的团,行程两千公里以上,跨越半个中国,我突发奇想觉得画个路线图是一个多么好玩的事,于是,我一路上用地图记录经过和几个大的地点,决定使用R语言来画个图看看。

继续阅读 →

发帖时间: R 归档位置:

PCA画图学习

昨天,想用R语言画个PCA图,来确认一批样本重复测序的吻合度,虽然已经单个数据审视和检查过了,还是用PCA看一下整体的情况,于是决定学画PCA图。使用搜狗微信搜索,找到一篇百迈客微信公众号的视频讲解,讲的不错,跟着以1.5倍速听完就可以画出自己的图了,挺开心的。

继续阅读 →

R包decontam学习笔记

这两天的工作都是从早上打开热心肠日报开始的,不得不说基本上每天干货满满呀,每天一篇给力的综述的节奏。ps,发现ubiome的科学家和志愿者也在维护着一个国外版的热心肠日报,地址放在这:https://microbiomedigest.com/ 值得点赞,英语好的同鞋可以参考参考,不知道国内的灵感是不是来自这个,但是平心而论,国内的做得已经水平不次于国外的了。
很感谢这些人,为大众做着科普的事情,有许多人把今天的生命科学比做几十年前的计算机产业,当年,计算机还是庞然大特,像供神一样地供在一间特殊的房间,多么像今天的测序仪呀。而牛津纳米孔,直接把测序仪缩小到了手持设备的级别,简直从当年的大型机飞跃到了今天的智能手机呀!相信未来,测序仪会像手机一样人手一部来检测自己的各项基因、蛋白和代谢指标,这才是精准医学嘛。

继续阅读 →