qiime2-2018.11发布学习笔记

qiime2又双叒叕更新了,看看这次带来什么新的特性,保持关注才能不落伍,内容翻译自qiime2论坛。

https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-11-release-is-now-live/6879 后面的发布计划是: QIIME 2 2019.1 2019.4 2019.7 2019.10

qiime框架

1.qiime tools validate这个命令现在可以确认.qzv文件的有效性了,而且会进行md5值的校验。

  1. qiime2 framework 发表了。https://peerj.com/preprints/27295/
    3.命令输入错误提示信息改善。

qiime Library

https://library.qiime2.org/ 是一个关于QIIME 2插件的共享和学习的新网站,qiime2团队有很多激动人心的计划,所以请大家保持关注。过去的几个月里团队开发了几个新的插件,可以在网站中学习。

q2cwl

CWL,Common Workflow Language,这个应该是一个流程语言。q2cwl是一个全新的从Qiime2自动生成CWL工具的原型接口,现在还不是核心发布版本的一部分。https://github.com/qiime2/q2cwl

docs

新的高级用户教程,https://docs.qiime2.org/2018.11/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers
同时数据导入教程也得到了更新,另外关于第一差异和第一距离的更多细节已经被添加到 q2-longitudinal tutorial教程中。

dev-docs

新发布的开发文档可在 https://dev.qiime2.org 上使用,我们仍然有很多工作要做的API文档,但这是一个很好的第一步!

q2-feature-table

1.增加的序列长度和描述性统计,包括七个数字摘要到feature-table tabulate-seqs
2.采用了最新版的biom软件。
3.具有替换feature-table rarefy能力的附加子采样?

q2-phylogeny

1.IQ-TREE 相关的增强
–p-fast:这类似于FastTree的快速搜索,仅在IQTHEL中可用。增加了对单分支测试方法, SH-aLRT通过–p-alrt, aBayes通过–p-abayes, local bootstrap test 通过–p-lbp。这些方法可作为替代方法或与bootstrapping方法结合使用。在IQTrand和IQTURE ULFRAFAST Bootstrap中都可以使用,并且都可以同时使用。
–p-n-runs: 这允许多个独立的系统发育推断发生。将保留来自这些运行的单个最佳树。在IQTrand和IQTURE ULFRAFAST Bootstrap中都可用。
–p-bnni: 由于严重违反模型,该选项通过超快引导降低了对分支支持高估的风险。仅通过IQTrice超快Bootstrap实现。

q2-feature-classifier

1.extract-reads: 添加Min长度和Max长度参数以支持基于大小的模拟扩增子的过滤。
2.class-consensus-vsearch现在允许将maxAccept=0作为参数设置;这将导致VSearch接受所有数据库命中以执行一致的分类法分配。class-consensus-vsearch和classify-consensus-blast方法和参数描述已经更新,以阐明它们是如何运作的,特别是关于BLASTn2max_TARGET_seqs的误导行为(max接受)。

q2-feature-classifier

1.split-table:修正了一个错误,以支持分开非分层的特征表。
2.metatable:添加了一种新方法,用于将metadata文件转换为feature table,并可选择将其与现有feature table合并。
3.q2-sample-classifier发表了,http://joss.theoj.org/papers/10.21105/joss.00934

q2-sample-classifier: machine-learning tools for microbiome classification and regression

q2-longitudinal

1.linear-mixed-effects 现在可接受R风格的公式来指定修正的效果/交互。仍然可以接受逗号分隔的。
2.pairwise-distances: 修正了一个bug,尽管metadata中出现在metric示例元数据列,但没有像由距离矩阵中的样本表示的,在输出方框图中显示为空列。

q2-emperor

1.添加一个选项,忽略丢失的样本(–p-ignore-missing-samples),当样本不在metadata中,但存在于相关文件中。
2.修复一个错误,其中红色黄蓝色图显示为灰度级。
3.修正了与Juyter笔记本环境的更新版本兼容的问题。

q2-diversity

1.beta-phylogenetic-alt 被被移除,取而代之的是beta-phylogenetic,它现在使用条带化UniFrac(这是香草UniFrac的一个更快的实现)。
2.beta多样性加入Canberra-Adkins ,这是堪培拉度量标准的一个标准化变体。

q2-fragment-insertion

现在这成为核心版本插件的一部分,教程在这:https://github.com/qiime2/q2-fragment-insertion/blob/master/README.md

q2-gneiss

ilr-phylogenetic可以再一次地接受FeatureTable[Composition]

q2-types

Manifest 文件验证已被更新和改进!
1.现在,验证提供了关于出错的详细错误信息,以及QIIME 2在导入时遇到问题的原因。
2.现在,空格被从字段中剥离,这在过去给用户尝试加载数据带来了许多问题。
3.此格式现在验证在导入之前,引用的文件实际上存在于清单中指示的位置——减少痛苦的导入错误数量

q2-demux

这个插件添加了subsample-single 和 subsample-paired方法,允许将SampleData[SequencesWith.]和SampleData[PairedEndSequencesWith.]子采样到较小的数据集中——这对于准备教程数据或在论坛上请求帮助很有用。

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