发现自己还是比较菜的，不能在qiime2的结果文件里进行较好的操作来达到获得各种属相对丰度的表，于是决定把数据导出到biom和txt格式来进行后续操作。这样就可以利用qiime2的新算法的优势，和之前已有的宏基因组公众号上介绍的流程来进行后续操作。毕竟，对于16S扩增子分析最重要的就是获得物种分类丰度信息。
qiime2-2019.1已经发布，程序稳定性越来越好，鉴于官方已经停止支持qiime1，有必要把qiime2的所有细节都理清，学好，这样才能对自己的数据进行实战分析，并将结果运用于实验和生产过程中。发现文档更新也相当快，感谢公众号宏基因组翻译的文档，让我在看许多专业术语方面扫清不少障碍，但是你介于翻译过来的命令却已经过时，还是对照着看最新版的，基本上很少改动，当然，专业英语好的除外。
QIIME2 2019.1发布啦，继续紧跟步伐，看看更新了哪些内容，一并备忘。
这个发布生版本主要针对更新依赖环境，升级到了Python 3.6，一个新的 r-vegan Adonis visualizer，修复了一些小bugs，虚拟机镜像和新的预训练分类器立马可得。
自从高中毕业选择生物工程专业入行，到研究生阶段微生物学的学习，再到工作开始做基因检测方面的工作，很庆幸基本上在生命科学领域学习和工作。每月去一次的图书馆，让我对科技的好奇心得以保持，互联网的畅达，让我得以接触到全世界的资讯。虽然，在工作之余，我的兴趣大部分在电子、电脑和软件方面。这本《生命的语言》就是借自南图，以一个基因检测从业者身份学习科学大家如何对大众进行基因和生命科学的科普。记录一下读书笔记和心得，并摘抄部分我们可以采取的行动，备忘和便及大家。
昨天，想用R语言画个PCA图，来确认一批样本重复测序的吻合度，虽然已经单个数据审视和检查过了，还是用PCA看一下整体的情况，于是决定学画PCA图。使用搜狗微信搜索，找到一篇百迈客微信公众号的视频讲解，讲的不错，跟着以1.5倍速听完就可以画出自己的图了，挺开心的。
最近热衷于当一个伪极客，把手机变为电脑，理想的情况是直接接上一台显示器，有线或者无线的方式，就实现电脑的操作。于是用搜索引擎和github上找啊找，终于找到几个实现方式，有的是大部分设备均可用的，有的只能局限于几台设备，都放在这，只是个爱好，记录一下。
我的2018书单，一部分已经有读书笔记，有几本电子书没有记录，大部分在微信读书上的。约等于60本吧，毕竟有一部分书只是翻翻，新的一年重视提高阅读精度，不求太多数量。不能有的书读过竟然不记得了。。。感恩2018！
2018就这样过去了，回顾一下自己所写的博客和公众号推文，当然推文是来自博客的。感谢一切，我能快乐地写这么多，感谢曾经学习过的每篇博文和公众号，感谢大神们的努力，才让我等小喽啰可以找点东西写写。2019，加油！
这两天的工作都是从早上打开热心肠日报开始的，不得不说基本上每天干货满满呀，每天一篇给力的综述的节奏。ps,发现ubiome的科学家和志愿者也在维护着一个国外版的热心肠日报，地址放在这：https://microbiomedigest.com/ 值得点赞，英语好的同鞋可以参考参考，不知道国内的灵感是不是来自这个，但是平心而论，国内的做得已经水平不次于国外的了。
很感谢这些人，为大众做着科普的事情，有许多人把今天的生命科学比做几十年前的计算机产业，当年，计算机还是庞然大特，像供神一样地供在一间特殊的房间，多么像今天的测序仪呀。而牛津纳米孔，直接把测序仪缩小到了手持设备的级别，简直从当年的大型机飞跃到了今天的智能手机呀！相信未来，测序仪会像手机一样人手一部来检测自己的各项基因、蛋白和代谢指标，这才是精准医学嘛。
肠型，Enterotype，是2011年在这篇文章中提出的，即将过去的2018年又有20多们肠道微生物的大佬对肠型的概念进行了回顾和确认。一直比较好奇怎样来用代码分析肠型，今天找到了这个教程，放在这：