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宏基因组分析，首先需要的结果是获得物种分类信息，前面我们提到，宏基因组有两种分析方式分别是基于序列比对和组装的，组装对电脑硬件的要求是超级高的，不过比对，就轻松多了，得益于算法的优化，有的软件可以实现在个人电脑上进行分析。最近的“AMD YES”也很给力，把普通个人电脑推向了8核16G RAM这种配置，终于追上了手机（虽然二者性能不可同日而语）。算力有了，充分利用起来呀，来个宏基因组玩玩呀！
这里我的需求是使用miniconda安装的Python，然后系统安装的R语言，然后我想让两个结合在一起使用，发现没有现成的教程，于是自己摸索了下，大概就是内核配置的问题。
生物信息数据分析工具 QIIME(Qua…
宏基因组研究的目的是通过对菌种（株）的鉴定，获得真实的多样性数据，功能，协作和进化。宏基因组分析的三个任务是物种分析（它们是谁），功能分析（能干什么，潜力），比较分析（怎么比较它们）。
最近手上有了一台新的红米笔记本16英寸，r7-4700u-16G的电脑，比起之前的thinkpad E431性能有了不小的提升，八核心八线程，多线程处理速度相比之前的双核4线程要强了不止两倍，虽然同样16DG的内存，频率也从1600MHz DDR3变为2600MHz了，别的不提，只16S降噪生成特征表的步步骤，速度就提升明显，八核心左右的运算任务，暂时就不需要再开云服务进行了。
还是获得16S物种丰度得老问题，最近在一台新机器上安装qiime1，发现有报错，对于这种停止维护的软件，也是正常现象吧，于是想别的办法解决，恰巧最近读R几本R语言的入门书，发现prop.table()这个函数是可以实现相关功能的，于是学习使用下。可能你早已会做这个啦，还是分享一下，看看有没有人需要。
直以来，看到这本书《Statistical Analysis of Microbiome Data with R》活跃在朋友圈和公众号，既然口碑这么好，当然有必要学习下啦！分享记录一下书中我所认为重要的点。
更新亮点都有啥呢？大概是几个命令和以前不一样了。
我们知道，不管是16S等扩增子测序，还是宏基因组，最后最重要的结果，就是物种的丰度情况了，qiime2给出的16S丰度结果是一个计数，对于许多软件来说这是可用的，那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢？