最近手上有了一台新的红米笔记本16英寸，r7-4700u-16G的电脑，比起之前的thinkpad E431性能有了不小的提升，八核心八线程，多线程处理速度相比之前的双核4线程要强了不止两倍，虽然同样16DG的内存，频率也从1600MHz DDR3变为2600MHz了，别的不提，只16S降噪生成特征表的步步骤，速度就提升明显，八核心左右的运算任务，暂时就不需要再开云服务进行了。
还是获得16S物种丰度得老问题，最近在一台新机器上安装qiime1，发现有报错，对于这种停止维护的软件，也是正常现象吧，于是想别的办法解决，恰巧最近读R几本R语言的入门书，发现prop.table()这个函数是可以实现相关功能的，于是学习使用下。可能你早已会做这个啦，还是分享一下，看看有没有人需要。
直以来，看到这本书《Statistical Analysis of Microbiome Data with R》活跃在朋友圈和公众号，既然口碑这么好，当然有必要学习下啦！分享记录一下书中我所认为重要的点。
更新亮点都有啥呢？大概是几个命令和以前不一样了。
我们知道，不管是16S等扩增子测序，还是宏基因组，最后最重要的结果，就是物种的丰度情况了，qiime2给出的16S丰度结果是一个计数，对于许多软件来说这是可用的，那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢？
这几天随便搜索snp2hla软件的参考数据集的时候发现一个韩国科学家写了一个数据集合并脚本，在使用韩国人样本测试时准确性较分别只用两个未合并的数据集准确性有所提高，于是，就找到了论文提供的脚本合并了一下。
之前做了一个简单的网页，使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据，当然准确性不咋的，也就玩玩，上线后为大约100+人提供了服务，这是伯值得骄傲的事，因为第一次能为大家提供服务。代码我是放在了gitHub的，数据是脚本处理完后自动删除。看网页是不是有点眼熟，这是谷歌中国网页框架，直接搬来的。
最近听了菲沙基因的网课，记录一下！多数是其课程ppt的截图，如有侵权，立马删除。声明，和这个公司无利益相关，只是为了学习和分享知识。
生活中，你一定对酸奶不陌生，早在古时候先辈们已经制作酸奶了。在中国，酸奶有史可查的最早记录是在公元5世纪，贾思勰在《齐民要术》中记载了齐地酸奶的制作方法。而酸奶中最常见的几种菌就是保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌、乳酸乳球菌等了。
除了引用最多的qiime流程，u/vsearch（usearch是一人一已之力单挑学术界）和mothur（用的人越来越少的感觉），最近又发现了一两个流程，一并分享给大家。