做了个祖源成分分析的小应用,采用radmixture(wegene开发的admixture算法的R语言实现版本)
最近更新,已经可以实现选择模型进行分析,一般消费级基因组的数据,处理时间需要几分钟,毕竟是单核1.9gHz,1G缓存,还挂了1.2G的swap,可能有的时候会用到。
布署在了这里,现在仅能实现四种成分分析,计划后面实现多种人种成分分析,布署在了这里:
https://shiny.zd200572.com/ancestry-shiny/ (腾讯云AMD服务器新用户只要8块多钱一个月了,简直白菜价,于是新搞了个,重庆区,国内延迟低,再也不需要CDN。)
http://119.28.22.76:3838/ancestry-shiny/
源代码在这里:https://github.com/zd200572/ancestry-shiny
https://raw.githubusercontent.com/zd200572/ancestry-shiny/master/Jietu20190604-092058.jpg