qiime2图形界面学习笔记二

在装好了q2studio后很困惑,所有的插件都是灰色的,即使切换到有数据的文件夹,一直以为是我的报错($JAVA_HOME找不到)导致的。由于报错,我还尝试了好几个版本进行测试,可是悲剧的是都有问题,于是祭出杀手锏,上虚拟机了哈哈。比conda还要简单,当然性能也就相对差点了。先运行起来学会再说。于是尝试先试试官方给的那个例子,理解一下是个什么原理。下载了官方的几个文件,发现q2studio都是可以自动识别的,直接就列在了下面,.qza是可以的,但是.tsv没有识别,先不去理会。然后,当我下载了table.qza放在工作目录的时候,神奇的事情发生了,有几个插件从灰色变成了正常可以点击的状态。于是测试一下,竟然可以运行,应该学习下qiime2所有的数据类型,才好进行自己的数据分析了。下面是我的测试过程:

1、下载虚拟机,导入Virtualbox

下载了最新的2018.4版的https://data.qiime2.org/distro/core/2018.4,兼容Vbox 5.2.10,有5G大左右,解压完是大概15G,正常运行官方推荐25G以上空间较好。只要RAM大于8G,电脑运行一下应该没问题的。发现宏基因组微信公众号有这个教程,不重复造轮子的好。把地址搁在这了:https://mp.weixin.qq.com/s/WS9u0nhiS1eizL5KXKs__A

2.我的测试

下载数据,https://docs.qiime2.org/2018.4/data/tutorials/moving-pictures/table.qza

打开q2studio后,首先,点击上方的Change Directory切换到下载的数据目录,这时数据已经识别,而且featuretable插件下的几个选项由灰变正常,就可心执行操作了。

点Rarefy table进去,然后是下面这个页面,

和官网的一模一样,执行一下,秒完成。66的,还是需要探索下如何进行自己的数据分析。

 

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