最近学习了一篇关于微生物免疫治疗方面的文…
肠型，Enterotype，是2011年在这篇文章中提出的，即将过去的2018年又有20多们肠道微生物的大佬对肠型的概念进行了回顾和确认。一直比较好奇怎样来用代码分析肠型，今天找到了这个教程，放在这：
阅读的综述翻译的中文杜标题是《肠道菌群失调促进结直肠癌的发生》，英文名为『Dysbiosis of gut microbiota in promoting the development of colorectal cancer』，文章地址在：https://academic.oup.com/gastro/article/6/1/1/4430984
所谓“书到用时方恨少，绝知此事要躬行”，手上拿到测序数据才深深地感受到了这一点，本来以为挺简单的问题，具体针对这个项目又有小难题挡路，于是读教程，读文档，抓紧搞定。
最近一直在断断续续看肠道功群的资料，发现…
qiime1已经不更新的维护，虽然可以使用，毕竟已经有点过时。学习qiime2还是相当必要的，毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速，以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了，所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。
发现一个中国疾控中心的工作人员zhangwen2001做的一个docker，刚好最近在分析肠道微生物的数据，学习学习。动用我的自以为比较厉害的搜索和查找信息的能力，终于找到了镜像文件。从运行命令来看，这是一个perl脚本，打开来看了一下发现基本上是把各个软件的串联起来，对于我这个perl门外汉也能看懂，窃喜。作者的代码已经注释的相当清楚
几种有益的菌种，或许是未来的益生菌，了解一下！
肠道内大约有1000-1500种细菌，每个个体有160种左右的优势种。肠道菌群在人一生中分三个阶段：婴幼儿快速变化期，成人稳定期和老年退化期。
由安吉莉娜·茱莉助推的基因检测仍在持续火热，蓝海逐步成为红海。而早就有人把目光投向了肠道微生物群的检测，最近一段时间ncs的接力发表足以说明它的火热，检测公司国外有ubiome等，国内也有多家公司进行这个检测。下面，我们来管中窥豹，看看几个检测方法的比较，只说我用搜索引擎找到的公司，无任何偏好性。