qiime再学习

所谓“书到用时方恨少，绝知此事要躬行”，手上拿到测序数据才深深地感受到了这一点，本来以为挺简单的问题，具体针对这个项目又有小难题挡路，于是读教程，读文档，抓紧搞定。

1. qiime1数据导入

手上的数据是分好样本的，不需要用qiime再次分了，于是就查文档，找到一个multiple_split_libraries_fastq.py命令，刚好可以解决我的问题，还可以使用文件名自动区分样本。
multiple_split_libraries_fastq.py -i ./ -o qiime1
--demultiplexing_method sampleid_by_file

2. qiime2数据导入

qiime2的数据导入同样发现有新的方式，好吧，是我自己孤陋寡闻了，这个方式，只要每个文件命名方式遵循qiime2的命名规范就可以。
命名规范为以下划线分隔，样本名_lane名_R1_001.fastq.gz，如L2S357_15_L001_R1_001.fastq.gz

qiime tools import \
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
--input-path casava-18-paired-end-demultiplexed \
--input-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt \
--output-path demux-paired-end.qza

SE的数据就是把PairedEnd去掉就好了，不过现在估计一般也没人只测单向数据了吧。