肠道微生物学习笔记之核心菌群

最近一直在断断续续看肠道功群的资料,发现关于健康中国人的公开的肠道功群最大的数据集还是来自华大基因2014年发表的meta-HIT计划的论文,是和欧洲人合作的,宏基因组测序了1268人的样本,其中,中国人368人。

http://meta.genomics.cn/meta/home 这是这个项目的网址,今天打不开了,不确定是维护还是永久关闭了。

这个项目大部分应该是采用宏基因组测序技术来获得的结果,所以能检测到丰度很低很低的菌属。下面就来看看这1000多人的样本里面,检出最多的,平均含量大于0.1%的(因为现在检测肠道微生物的主要手段依然是16S,测几万条reads,万分之一以下的会被忽略,所以暂只看到这个数量级)。
简单把这1000多个样本的属统计了一下,一共是317个属,用脚本筛选完后还有67个属。我把处理后的文件都放在了这:https://jiawen.zd200572.com/hla/BGI-genus.txt
下面列出所有人都能检出的菌属,来看看都是什么属的。平均含量大于1%的属有拟杆菌属、普氏菌属、真杆菌属、粪杆菌属、Alistipes、瘤胃球菌属、梭菌属、罗氏菌属、Blautia、埃希氏菌属、副杆状菌属、双歧杆菌属、粪球菌属和丁酸弧菌属。有几个还没有中文名称。(这个表格的第一列的1是表示所有的人都检测到了这些属,第二列是平均检测到的菌属的含量。)

  • Bacteroides 1 0.481
    Prevotella 1 0.0748
    Eubacterium 1 0.0582
    Faecalibacterium 1 0.057
    Alistipes 1 0.0397
    Ruminococcus 1 0.0381
    Clostridium 1 0.0293
    Roseburia 1 0.0293
    Blautia 1 0.0227
    Escherichia 1 0.0218
    Parabacteroides 1 0.0179
    Bifidobacterium 1 0.0143
    Coprococcus 1 0.0125
    Butyrivibrio 1 0.0103
    Dorea 1 0.0088
    Odoribacter 1 0.0072
    Streptococcus 1 0.0035
    Phascolarctobacterium 1 0.0034
    Lactobacillus 1 0.0026
    Subdoligranulum 1 0.0024
    Megasphaera 1 0.0021
    Pseudoflavonifractor 1 0.0019
    Coprobacillus 1 0.0017
    Paraprevotella 1 0.0017
    Veillonella 1 0.0017
    Anaerotruncus 1 0.0015
    Enterococcus 1 0.0009
    Holdemania 1 0.0009
    Eggerthella 1 0.0006
    Campylobacter 1 0.0003

而乳酸菌属平均只有0.2%的含量,几乎检测不出的水平。这样来看,补充双歧杆菌的效果可能更好一点,因为乳酸菌量太少,可能"打不过"双歧杆菌属。

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