肠型，Enterotype，是2011年在这篇文章中提出的，即将过去的2018年又有20多们肠道微生物的大佬对肠型的概念进行了回顾和确认。一直比较好奇怎样来用代码分析肠型，今天找到了这个教程，放在这：
阅读的综述翻译的中文杜标题是《肠道菌群失调促进结直肠癌的发生》，英文名为『Dysbiosis of gut microbiota in promoting the development of colorectal cancer』，文章地址在：https://academic.oup.com/gastro/article/6/1/1/4430984
1.qiime1 1.1 给分好的序列改…
qiime2正在从一个单纯的marker gene分析软件向代谢组学和基因组学发展，并且，正逐步形成一个生态系统，方便任何开发者为之开发插件。.qza和.qzv其实是标准的zip格式，可以方便解压得到数据，和之前一直以为的qiime2是封闭的，不让人把数据解开的印象完全不一样嘛。
所谓“书到用时方恨少，绝知此事要躬行”，手上拿到测序数据才深深地感受到了这一点，本来以为挺简单的问题，具体针对这个项目又有小难题挡路，于是读教程，读文档，抓紧搞定。
肠道微生物还是很热，最近发现南图里有本畅销书是关于此的，一看还是今年出版的，决定拿来读一读。庆祝博客搬迁到了腾讯云，香港的机房，网速还是挺不错的，从美国东部200ms的延迟变为现在的50。换了个主题庆祝下。
最近一直在断断续续看肠道功群的资料，发现…
发现一个中国疾控中心的工作人员zhangwen2001做的一个docker，刚好最近在分析肠道微生物的数据，学习学习。动用我的自以为比较厉害的搜索和查找信息的能力，终于找到了镜像文件。从运行命令来看，这是一个perl脚本，打开来看了一下发现基本上是把各个软件的串联起来，对于我这个perl门外汉也能看懂，窃喜。作者的代码已经注释的相当清楚
几种有益的菌种，或许是未来的益生菌，了解一下！
肠道内大约有1000-1500种细菌，每个个体有160种左右的优势种。肠道菌群在人一生中分三个阶段：婴幼儿快速变化期，成人稳定期和老年退化期。