qiime2和美国肠道计划学习笔记

1.qiime2论文阅读笔记

1)qiime2正在从一个单纯的marker gene分析软件向代谢组学和基因组学发展,并且,正逐步形成一个生态系统,方便任何开发者为之开发插件。
2).qza和.qzv其实是标准的zip格式,可以方便解压得到数据,和之前一直以为的qiime2是封闭的,不让人把数据解开的印象完全不一样嘛。

2.美国肠道计划学习笔记

发现美国肠道计划(American Gut)的数据、流程和文档都是开放的,学习相关内容,尝试后面用于分析自己的数据。https://github.com/biocore/American-Gut
美国肠道计划是地球微生物组计划的一部分,最早采用Hiseq2000 100单向测序,后面变为150PE单向测序。其报告的几个图表是PCoA(主坐标分析图,显示了每个样本在计划中的数据集中的位置);PCA图(主成分分析,在美国肠道项目和全球肠道项目的背景下描绘样本,强调年龄和微生物组之间的关系),样本与相同年龄和饮食样本的门组成图对比,以及样本比平均水平多或者少的菌属情况。
先来看看它的这张类似示例报告的pdf,大概详细报告应该比这内容多,这是一个简单的示例,但是还是不得不说有2万人的数据,这个图真的很帅啊!

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