最近需要下载千人基因组计划中的中国人数据作为参考,于是学习了下几个下载方法。发现还是有几个小技巧值得分享的,就记录分享一下!我找到的主要方法有两三个,分别是通过网页下载,API批量下载和ftp批量下载。
在阅读肺癌PRS分型那篇文章时发现作者使用这个软件进行了多元逻辑回归,值得学习一下。在微信上能找到一篇教程
这是一篇值得学习的文章,基本上全文翻译了这篇文章,觉得重要的地方进行了突出显示。
想要阅读这篇文章是因为《遗传风险评分的原理与方法》这篇论文里提到了,想要进一步了解OR-GRS这个方法,于是挑选部分翻译了下。
QIIME 2 2020.2 更新踩着2月的尾巴来了!疫情仍在,学习的好时光呀,加油!这次更新有一些小的命令更改,已经把需要关注的重点更新突出显示。官方提醒下一次的更新发布是QIIME 2 2020.5,请持续关注更新。
越来越多的证据表明,肠道微生物与人类CRC的发展有关。对肠道微生物的全面表征对于评估其作为CRC早期诊断标记物的潜力是非常重要的。在这篇综述中,我们总结了CRC相关细菌及其在动物模型、人类细胞系和人类队列中的致癌机制的最新研究。高通量测序技术促进了人类样本中CRC相关细菌的鉴定。
1900年Landsteiner首先认识到ABO血型系统的存在。从那时起,ABO系统的抗原(分别是A,B和H决定簇)被证明包含复杂的碳水化合物结构。通过糖基转移酶的顺序作用合成A和B抗原,A和B糖基转移酶分别催化N-乙酰半乳糖胺和D-半乳糖加成前体H抗原。O组个体缺乏这样的转移酶,仅表达基本的H结构。每个红细胞上大约有200万个ABH糖链抗原位点。此外,ABH抗原在其他人类细胞和组织中广泛表达,包括感觉神经元、上皮细胞、血管内皮和血小板。
硫代谢微生物将膳食中来源的硫转化为有遗传毒性的硫化氢(H2S),与结直肠癌(CRC)的发生有关。我们确定了一种与粪便中硫代谢菌相关的饮食模式,然后利用一项大型前瞻性男性研究的数据,调查其与CRC发病风险的关系。
为了调查全基因组水平的致病基因和变异的价值和临床影响,我们使用了一项前瞻性队列研究设计,招募了同意对其全基因组进行测序并使用临床实验室测试、代谢组学技术和先进的非侵入性成像参与深度表型分析的志愿者。基因组结果与表型结果相结合。
癌症易感性基因检测对于可能从乳腺癌、卵巢癌和直肠癌的筛查、预防和早期检测中获益的个体是有用的,并且可能对处于胰腺癌风险中的个体有益。家族成员中有易感性基因突变的,也可能受益于增强的癌症筛查和预防策略。