娱乐版HLA分型网页升级了

之前做了一个简单的网页,使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据,当然准确性不咋的,也就玩玩,上线后为大约100+人提供了服务,这是伯值得骄傲的事,因为第一次能为大家提供服务。代码我是放在了gitHub的,数据是脚本处理完后自动删除。看网页是不是有点眼熟,这是谷歌中国网页框架,直接搬来的。

2020.6.20更新了合并后的参考数据集,据论文说准确度有一定程度提高,欢迎测试交流!放在了另一个南京的腾讯云服务器,地址:https://dna.zd200572.com/hla/

2020.2.12修复完成!再次提醒,娱乐水平,请勿用于其他用途,不做任何保证和承担任何责任。如果你的HLA分型比较罕见,那么准确率将低到离谱,也就是说如果你的祖源比较特别的话,不推荐使用。
2020.2.11发现运行脚本故障,紧急修复中。由于本人几乎没有前端和后台水平,所以应用相当简陋,请谅解。请把数据命名为邮箱地址.txt,如zd@163.com.txt 请选择并上传你的芯片数据文件(及扩展数据,可选)即可完成HLA分型。使用的建站gcloud进行的,配置只有单核1.6G,HLA分型器会耗时30min左右,请耐心等待,结束后以结果以邮件形式发送到你的邮箱.

其他公司格式转换工具,这里推荐一个:http://joshua.galaxy.42dna.com/wgto23/
怎么样,有没有兴趣做一下基因检测,看下自己的HLA分型呢?阅读原文是新版本地址,旧版正常服务,可以对比下哪个结果好。
这是之前网页的信息:
是采用大神开发的snp2hla进行分型的,具体过程可参考我的博客:https://jiawen.zd200572.com/431.html
snp2hla是大名鼎鼎的Broad研究所开发的,通过snp分型数据来获得HLA分型信息的软件。它的准确度主要依赖于一个尽可能大的,针对特定民族人群的参考数据集。这个网页采用的是2014年发表的东亚人群的参考数据集,部分准确度约为80%。由于不同芯片的数据中HLA区域位点的数目不同,可能获得的结果有n多候选,请悉知。下图是参考数据集的人数与各个基因座准确度的关系,可以看出,在400人左右的参考数据集时(这个网页采用的),准确度因基因座不同而不同。
做这个纯属个人爱好,原始数据和结果将在得出结果后删除。也可以按软件说明自己搞,也挺简单的。
又做了个R版本的,方法和准确度有区别,可以参考下,现在只能使用23andme数据,其他公司格式建议使用转换工具转成23andme格式后使用https://shiny.zd200572.com/HLA-HIBAG

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