尝试再现Nano-Ampli文章的数据分析过程,由于原始数据不完整,可能有参数没列出等原因,没有成功再现出结果,理了理流程,欢迎大家指正,交流。
身处这样一个互联网时代,应当感恩技术带来的便利,从在一个地方不远游就只能是井底之蛙,到今天互联网让我们不出门知天下事,当然,假消息也有。虽然现在许多事和技能仍然需要项目实践,但是不得不说,知识已经不再是一种稀缺的资源,需要时间训练的技能才是。我们应该充分利用好这个时代提供给我们的便利,努力学习和思考。
最近比较令人无语的是anaconda的镜像一个接一个的倒下,商业公司的东西有时真的是很不靠谱,这也是我们为什么相信开源。
q2cli 1.在查看插件的详细信息时清…
最近觉得半瓶醋的16S数据分析可以继续进…
这两天在用mac下载ena的fastq数据,发现aspera connect,windows和mac版本的死活不会用呢,于是就学习了一下,发现一样是可以使用命令行的,这里是mac的,后面再整理下win的。
最近工作用到了一些回归分析方面的知识,整理一下,放在这里备忘。主要是简单的多元线性回归和分位数回归两种,基本上都只需要几个R语言命令就能解决了。
发现自己还是比较菜的,不能在qiime2的结果文件里进行较好的操作来达到获得各种属相对丰度的表,于是决定把数据导出到biom和txt格式来进行后续操作。这样就可以利用qiime2的新算法的优势,和之前已有的宏基因组公众号上介绍的流程来进行后续操作。毕竟,对于16S扩增子分析最重要的就是获得物种分类丰度信息。
qiime2-2019.1已经发布,程序稳定性越来越好,鉴于官方已经停止支持qiime1,有必要把qiime2的所有细节都理清,学好,这样才能对自己的数据进行实战分析,并将结果运用于实验和生产过程中。发现文档更新也相当快,感谢公众号宏基因组翻译的文档,让我在看许多专业术语方面扫清不少障碍,但是你介于翻译过来的命令却已经过时,还是对照着看最新版的,基本上很少改动,当然,专业英语好的除外。
QIIME2 2019.1发布啦,继续紧跟步伐,看看更新了哪些内容,一并备忘。
这个发布生版本主要针对更新依赖环境,升级到了Python 3.6,一个新的 r-vegan Adonis visualizer,修复了一些小bugs,虚拟机镜像和新的预训练分类器立马可得。