更新亮点都有啥呢？大概是几个命令和以前不一样了。
我们知道，不管是16S等扩增子测序，还是宏基因组，最后最重要的结果，就是物种的丰度情况了，qiime2给出的16S丰度结果是一个计数，对于许多软件来说这是可用的，那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢？
除了引用最多的qiime流程，u/vsearch（usearch是一人一已之力单挑学术界）和mothur（用的人越来越少的感觉），最近又发现了一两个流程，一并分享给大家。
最近有朋友和我交流纳米孔16S测序数据的分析，发现真的没有从头完成过一次这方面的数据分析，然后发现这方面的资料也比较少，于是学习一下，和大家分享。坦白说，牛津纳米孔测序技术在16S多样性研究方面还是有些不足的，只能说勉强够用，主要应用场景是在一些现场快速检测方面，主要是病原菌这种。但是，相信随着测序准确度的提高和分析软件的改进，相信它的应用会越来越多。感谢互联网的便利和分享精神，今天的我们可以方便地获得测序的原始数据，并可以自由进行分析。
近年来，已经开发出第三代测序技术，并已与前一种测序策略并行和互补地应用。尤其是，牛津纳米孔技术公司（ONT）推出了纳米孔测序技术，该技术已在分子生态学家中广为流行。纳米孔技术提供了低廉的价格，便携性和快速的测序通量。这项强大的技术最近已通过16S rRNA分析测试，显示出令人鼓舞的结果。但是，与以前的技术相比，缺乏专门用于分析纳米孔16S序列的生物信息学工具和标准。由于其显著的特征，研究人员最近开始在16S rRNA测序研究中对MinION的适用性进行评估，并获得了显蓍的结果。在这里，我们对应用于微生物组研究的MinION技术的最新进展进行了综述。
最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具，发现官方有qiime2的流程，学习一下，顺便探索一下中间的坑。关于nf-core，这篇推文已经介绍的够多了，我这里主要学习它的搭建和使用。
继续前面的学习，前面已经把软件安装完成，数据库准备好，下面就是分析的过程了，基本上按照原文的命令进行的，由于教程中没有给出tara_f135_full_megahit.fasta这个文件，这里我们就把这几个样本的组装提到了前面，自己组装获得这个序列，然后再进行物种注释。
前面提到，已经有家公司通过宏转录组(Metatranscriptomics)测序检测肠道微生物，面向消费者提供检测服务。对宏转录组充满了好奇，有这样的比方说，**宏基因组可以告诉我们这个微生物群落可能有什么样的功能（潜能），宏转录组就是告诉我们群落正在做什么**，相比宏基因组的眉毛胡子一把抓，宏转录组是更针对当下的结果。由于测序的目标序列少了很多，结果不是变态大，对计算机的配置要求也相对降低。苦于想学宏基因组暂时没有服务器的我，就退而求其次试试宏转录组了，相信不会让我失望。之前学习过单转录组数据的分析，一般的笔记本（双核，8g ram）扛了下来。鉴于中文网络上能找到的宏转录组教程基本没有，只在Github上搜索到两个，选其中一个学习下。
本教程将带您完成处理宏转录组数据的流程。
到目前为止，我们已经完成了所有工作，并复制并粘贴了许多命令来完成所需的操作。这可行！但是也可能很耗时，并且更容易出错。接下来，我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。