继续之前[未完成的笔记](https://mp.weixin.qq.com/s/Zw-4DasNB7ZBWmKZGQquow)，前面实现了使用qiime2-dada2插件初步探索，结果以无敌的报错失败告终，这里进入R包，更灵活地处理数据，下面是我的详细步骤。
还是接着之前的事说，首先，在researchgte网站上发现了一个小“新大陆”，说可以把不能很好拼接的数据直接N连接处理。这里就先按软件默认的加几个N了，虽然拼接率有3%。。。然后，找到了直接加N的软件，不重复造轮子，自己写拼接脚本还是要费半天时间的，不如用工具，既好又准。
从科研的角度讲，肠道微生物的研究依然大热，cns大作文章层出不穷，带来新的idea和见解，另一方面，微生物产业却道路曲折
图形化生信分析是未来趋势，已经有多家公司开始开发生信分析的图形化解决方案，既有云计算，也有分析一体机，但是好像基本上都推广的不怎么成功。有其封闭性的原因，还有可能是售价太高，对一般公司来说不如多招个生信工程师更划得来，后者还能解决具体问题，比如软件运行过程中的报错，参数可变的个性化分析。
picrust2 beta既可以单独安装，也可以以qiime2-PICRUST2插件方式安装和使用，两者都可以在linux和Mac上运行，windows请使用虚拟机。
之前学习了Base Data质控过程，下面继续，最近一直没有开启博客写作，十月将过，加紧补点。
最近发现PRS是近两年比较热门的领域，从科学家对糖尿病等几种疾病的评分，到23andme对糖尿病的评估，发表的文章也越来越多，有必要学习一下他的基本过程。这里找到了一个比较详细的教程，学习和记录一下。教程是一个毕业于香港大学的博士写的，还是PRS分析软件PRSice-2的作者之一，地址放在这：https://choishingwan.github.io/PRS-Tutorial/ 。这篇教程是以同作者发表在生物预印本上的一篇文章为蓝本写的，教程更加详细，示例数据和步骤详尽，可以保证每个人从头重复到尾，而且分别介绍了三种方法的使用，值得学习一下。教程需要R语言和plink，以及LDpred和lassosum软件。
热心肠研究院的这个介绍让我对这个软件产生了好奇，我决定学习一下这个软件的使用，看看它和picrust的区别在哪，picrust2刚刚发布，看看是棋逢对手还是略胜一筹呢。后来发现，好吧，最后发现一个实验室开发的。。。区别在于一个是完全基于已知的参考数据库，而这个目标是发现是大多数(>60%)未注释基因家族与代谢物相对丰度的关联。
QIIME 2 2019.7 昨天发布了，让我们来看一下更新了哪些内容。下一次更新在2019.10下旬，请持续关注。虚拟机镜像更新将在下周放出。