昨天，想用R语言画个PCA图，来确认一批样本重复测序的吻合度，虽然已经单个数据审视和检查过了，还是用PCA看一下整体的情况，于是决定学画PCA图。使用搜狗微信搜索，找到一篇百迈客微信公众号的视频讲解，讲的不错，跟着以1.5倍速听完就可以画出自己的图了，挺开心的。
这两天的工作都是从早上打开热心肠日报开始的，不得不说基本上每天干货满满呀，每天一篇给力的综述的节奏。ps,发现ubiome的科学家和志愿者也在维护着一个国外版的热心肠日报，地址放在这：https://microbiomedigest.com/ 值得点赞，英语好的同鞋可以参考参考，不知道国内的灵感是不是来自这个，但是平心而论，国内的做得已经水平不次于国外的了。
很感谢这些人，为大众做着科普的事情，有许多人把今天的生命科学比做几十年前的计算机产业，当年，计算机还是庞然大特，像供神一样地供在一间特殊的房间，多么像今天的测序仪呀。而牛津纳米孔，直接把测序仪缩小到了手持设备的级别，简直从当年的大型机飞跃到了今天的智能手机呀！相信未来，测序仪会像手机一样人手一部来检测自己的各项基因、蛋白和代谢指标，这才是精准医学嘛。
祖源是消费级基因检测比较感兴趣的问题，今天我也来学习一下那如何做一个简陋的祖源分析。使用的是SPA（Spatial Ancestry analysis）这个软件，在google中搜索基因型填充无意中搜到了这个软件，由几个作者写成，第一作者还是华人，有点骄傲，可惜没有针对中国人或者东亚人的模型，只有世界和欧洲人的模型，瞬间又觉得有点失落，好在许多中国公司在积累了几万以上的数据后也开始进行中国人自己的模型构建,而且做得还不错。
1.qiime1 1.1 给分好的序列改…
qiime2正在从一个单纯的marker gene分析软件向代谢组学和基因组学发展，并且，正逐步形成一个生态系统，方便任何开发者为之开发插件。.qza和.qzv其实是标准的zip格式，可以方便解压得到数据，和之前一直以为的qiime2是封闭的，不让人把数据解开的印象完全不一样嘛。
qiime2又双叒叕更新了，看看这次带来什么新的特性，保持关注才能不落伍，内容翻译自qiime2论坛。赶快快乐qiiming吧。
消费级基因检测依然如火如荼，刚过去的双11有公司销售额过百万，算下来是当天购买人数在几千人左右。手上有SNP芯片数据，想要获得更多感兴趣的位点怎么办，刚发现了一个神奇的网站，可以满足你的部分好奇心。https://www.impute.me/
最近从图书馆借了《生物信息学（第2版）》国防科大刘伟主编的，继续我的学习之路。我是图书馆有啥新书就借来读读，一来比较喜欢新书，二来这书好像也不怎么热，能借得到，虽然好多内容是重复，也有新东西可学的快感，顺便复习一下也不错。这次，我看到了weka，学习一下！
所谓“书到用时方恨少，绝知此事要躬行”，手上拿到测序数据才深深地感受到了这一点，本来以为挺简单的问题，具体针对这个项目又有小难题挡路，于是读教程，读文档，抓紧搞定。
qiime1已经不更新的维护，虽然可以使用，毕竟已经有点过时。学习qiime2还是相当必要的，毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速，以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了，所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。