7个月的时光悄悄溜过，2018真的已经过…
最近有点好奇，仅次于qiime的Mothur，用起来感觉如何，于是决定尝试下。虽然qiime还没有学会学透，但人活着就要折腾嘛，否则与咸鱼有什么区别，哈哈。
华为荣耀4x是一款很经典的千元机，质量ok，硬件还凑活，高通410处理器A53，支持64位，2G ram，却苦于存储rom只有8g，可用存储随着升级到安卓6.0日渐不足（<4g），在微信、QQ以及支付宝们每个软件都要占用1g以上的情况下，完全不能满足使用了，于是换成了有墨水屏的双屏手机海信A2PRO，可惜海信也是不积极更新系统的主，也不开放bootloader和源代码，算了，不提了，至少墨水屏可以满足日常使用了，知足了。
HLA基因，位于6号染色体上短臂上，长约4000Kb。HLA是目前所知人体最复杂的遗传多态性系统，有几十个基因座位，每个基因座位又有几十个等位基因，且呈共显性表达。由于MHC基因位于同一条染色体上，其多基因座位上的基因型组合相对稳定，很少发生同源染色体间交换，这就构成了以单元型（HAPLOTYPE，即在同一条染色体上紧密连锁的一系列等位基因的特殊组合）为特征的遗传。按中国人常见的A座位基因有13个，B座位基因有30个计算，可组成的单元型约有13×30＝390种之多。
snp2hla是大名鼎鼎的Broad研究所开发的，通过snp分型数据来获得HLA分型信息的软件。它的准确度主要依赖于一个尽可能大的，针对特定民族人群的参考数据集。
手头上有一台树莓派3b，一直没怎么使用，除了做点下载用，但是基于不能远程控制，花生壳内网穿透用着还不错，但是免费版本只能用两个端口，完全不够用啊，于是想自己搞一个。正好，手头有一台google云服务器，一年免费试用版，充一美元使用最低配置一年，相当划算，而且，不会像亚马逊一样乱扣费，所说用于机器学习的英伟达GPU云服务器也可以免费用，只是苦于自己知识水平不够呀。
之前有个软件SNP2HLA可以把snp芯片的结果转化成HLA分型的，软件数据库里面还有中国人的数据集，相对准确，可以分到每个基因座两位，准确度因基因座而不同，还有个网站，也可以实现将23andme等的结果提取出HLA型。
用脚本和linux命令简单统计了一个这个消费级基因检测芯片的60万位点的分布情况。
最近生信技能树抽奖，中了一个基因检测试剂盒，挺开心的，给我老婆检测了一下，恭喜她成为我们家第一个有基因检测数据的人，感谢陕西图灵生物的奖品。检测是采用消费级基因检测常用的snp芯片，60万位点，拿到的结果大概有13M左右的样子。
几种有益的菌种，或许是未来的益生菌，了解一下！
一直对一代天骄的成吉思汗怀有深深地敬意，他及他的儿子孙子们横扫千军，一直杀到了欧洲，这是唯一一次立足于蒙古的政权一统亚欧大陆，脚踏俄罗斯，成为世界霸主。然而，比较 遗憾的是他的早逝，让蒙古帝国难以继续它的辉煌，迅速地丢掉他治下的大块领土，百年而灭。