肠型，Enterotype，是2011年在这篇文章中提出的，即将过去的2018年又有20多们肠道微生物的大佬对肠型的概念进行了回顾和确认。一直比较好奇怎样来用代码分析肠型，今天找到了这个教程，放在这：
作者提到了在国外几个较早的肠道菌检测机构和平台，美国肠道计划AGP，uBiome，Atlasbiomed，这三家，是西方人能做的其中几个。
然后，作者强调了HLA的重要性，举了几个例子，如类风湿，与Prophyromonas(拟杆菌门)相关。强直性脊柱炎与HLA-B27的关系，与Kleibsiella菌属感染有关。多发性硬化症，疲劳综合征与支原体；莱姆病与包柔氏螺旋体相关，HLA-DR15,16可抵抗。HLA-DR4可抵抗沟鞭藻类的感染，其他的还有比如23andme把HLA分型用于预测牛皮癣的概率。
插句题外话，如果你有snp芯片的原始数据，可以娱乐性的帮你分出你的HLA型，准确率不够高，但是也能用了。地址在这：https://jiawen.zd200572.com/hla/HLA%E5%88%86%E5%9E%8B%E5%99%A81.html
今天学点R，发现bioconductor新的安装方式，于是记录一下，备忘。
阅读的综述翻译的中文杜标题是《肠道菌群失调促进结直肠癌的发生》，英文名为『Dysbiosis of gut microbiota in promoting the development of colorectal cancer』，文章地址在：https://academic.oup.com/gastro/article/6/1/1/4430984
祖源是消费级基因检测比较感兴趣的问题，今天我也来学习一下那如何做一个简陋的祖源分析。使用的是SPA（Spatial Ancestry analysis）这个软件，在google中搜索基因型填充无意中搜到了这个软件，由几个作者写成，第一作者还是华人，有点骄傲，可惜没有针对中国人或者东亚人的模型，只有世界和欧洲人的模型，瞬间又觉得有点失落，好在许多中国公司在积累了几万以上的数据后也开始进行中国人自己的模型构建,而且做得还不错。
1.qiime1 1.1 给分好的序列改…
qiime2正在从一个单纯的marker gene分析软件向代谢组学和基因组学发展，并且，正逐步形成一个生态系统，方便任何开发者为之开发插件。.qza和.qzv其实是标准的zip格式，可以方便解压得到数据，和之前一直以为的qiime2是封闭的，不让人把数据解开的印象完全不一样嘛。
qiime2又双叒叕更新了，看看这次带来什么新的特性，保持关注才能不落伍，内容翻译自qiime2论坛。赶快快乐qiiming吧。
消费级基因检测依然如火如荼，刚过去的双11有公司销售额过百万，算下来是当天购买人数在几千人左右。手上有SNP芯片数据，想要获得更多感兴趣的位点怎么办，刚发现了一个神奇的网站，可以满足你的部分好奇心。https://www.impute.me/
最近从图书馆借了《生物信息学（第2版）》国防科大刘伟主编的，继续我的学习之路。我是图书馆有啥新书就借来读读，一来比较喜欢新书，二来这书好像也不怎么热，能借得到，虽然好多内容是重复，也有新东西可学的快感，顺便复习一下也不错。这次，我看到了weka，学习一下！