初识Oxford Nanopore

最近 开始学习一下牛津纳米孔测序的相关知识,记录一下:

参考自:
  1. 牛津纳米孔中国商店  https://nanopore.yilimart.com/
  2. 陈巍学基因公众号推文:Nanopore测序
  3. 还发现了微微悦明公众号的两篇推文:关于实验操作

1. 测16S的问题(采购这个试剂盒不需要自己合成引物了)

16S条码试剂盒里含有12 对 条形码和5´末端标签的特异性16S引物,可以直接用来pcr,比通用的pcr条码试剂盒少了个末端制备的过程。后面AI软件可以进行barcode的样品拆分。条码和5´末端标签有助于在无连接酶的情况下连接快速测序接头。

使用含有条形码和5´末端标签的特异性16S引物(27F和1492R),通过PCR对DNA进行扩增。以上所述的条码和5´末端标签有助于在无连接酶的情况下连接快速测序接头(Rapid Sequencing Adapters)。该试剂盒含有12对带条形码的引物 使用EPI2ME 16S-BLAST工作流程可以对16S实验方案的数据进行分析。利用 Albacore 和 EPI2ME 能够对条形码标记的测序数据进行去卷积(或反卷积, deconvolution)分析,通过对条形码序列进行分类,并将读长分类到其对相应的文件夹中。

2.两个启动套装的区别

如果选择快速测序套装,不需要末端裋和加A,无需这些试剂,也无需纯化,使用试剂盒里的转座酶,可同时切割模板分子并将标签贴附到切割末端。通量大概比连接试剂盒小了20%。要获得超大片段确实要求输入片段尽可能大。如果要求不高的话可以选择快速测序套装,可以省去NEB的试剂。说明书上说快速测序套装同样可以获得大片段。“使用此试剂盒仍可以得到较长的读长。然而,若需在测序中观察到长读长,则起始样本中必须存在长片段。”

其实就是两种建库方式,一种是转座酶建库,另一种是末端补平,加A,然后加接头。前者只需要10分钟即可完成。

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