硫代谢微生物将膳食中来源的硫转化为有遗传毒性的硫化氢(H2S)，与结直肠癌(CRC)的发生有关。我们确定了一种与粪便中硫代谢菌相关的饮食模式，然后利用一项大型前瞻性男性研究的数据，调查其与CRC发病风险的关系。
接着前面的内容，这里再进行下数据库的处理，看看从参考数据库就按测序数据处理是不是能提高物种注释的精度。这里先预报一下，种的分类结果并不能有明显的提升，或许是因为序列长度的缺陷，即使再努力提高技巧，终究不能解决根本的问题，250bp的长度，对比1500bp左右的全长，显然还是太短了，难以实现精确的分类，所以，要想更精确，只有上16S全长，这只能寄望于Pacbio，Oxford Nanopore，和10x linked reads或者类似的技术，比如华大的sLtFR等技术提升读长了。再激进些，等测序成本足够低，上宏基因组，宏转录组了。
这篇文章这会拿出来重读是因为，我发现有公司以这篇文章的方法做成了一个肠癌早筛产品，就是前段时间发布的以检测7种菌来进行肠癌早筛的产品。不小心找到了这个公司的专利，结合这篇文章一起学习一下。
继续之前[未完成的笔记](https://mp.weixin.qq.com/s/Zw-4DasNB7ZBWmKZGQquow)，前面实现了使用qiime2-dada2插件初步探索，结果以无敌的报错失败告终，这里进入R包，更灵活地处理数据，下面是我的详细步骤。
还是接着之前的事说，首先，在researchgte网站上发现了一个小“新大陆”，说可以把不能很好拼接的数据直接N连接处理。这里就先按软件默认的加几个N了，虽然拼接率有3%。。。然后，找到了直接加N的软件，不重复造轮子，自己写拼接脚本还是要费半天时间的，不如用工具，既好又准。
从科研的角度讲，肠道微生物的研究依然大热，cns大作文章层出不穷，带来新的idea和见解，另一方面，微生物产业却道路曲折
这是一篇2015年发表在cell上的文章，虽然有点老，但是研究的内容依然具有参考价值，这里仔细读了一遍，分享一下！
热心肠研究院的这个介绍让我对这个软件产生了好奇，我决定学习一下这个软件的使用，看看它和picrust的区别在哪，picrust2刚刚发布，看看是棋逢对手还是略胜一筹呢。后来发现，好吧，最后发现一个实验室开发的。。。区别在于一个是完全基于已知的参考数据库，而这个目标是发现是大多数(>60%)未注释基因家族与代谢物相对丰度的关联。
最近学习了一篇关于微生物免疫治疗方面的文…
这两天的工作都是从早上打开热心肠日报开始的，不得不说基本上每天干货满满呀，每天一篇给力的综述的节奏。ps,发现ubiome的科学家和志愿者也在维护着一个国外版的热心肠日报，地址放在这：https://microbiomedigest.com/ 值得点赞，英语好的同鞋可以参考参考，不知道国内的灵感是不是来自这个，但是平心而论，国内的做得已经水平不次于国外的了。
很感谢这些人，为大众做着科普的事情，有许多人把今天的生命科学比做几十年前的计算机产业，当年，计算机还是庞然大特，像供神一样地供在一间特殊的房间，多么像今天的测序仪呀。而牛津纳米孔，直接把测序仪缩小到了手持设备的级别，简直从当年的大型机飞跃到了今天的智能手机呀！相信未来，测序仪会像手机一样人手一部来检测自己的各项基因、蛋白和代谢指标，这才是精准医学嘛。