R包decontam学习笔记

这两天的工作都是从早上打开热心肠日报开始的,不得不说基本上每天干货满满呀,每天一篇给力的综述的节奏。ps,发现ubiome的科学家和志愿者也在维护着一个国外版的热心肠日报,地址放在这:https://microbiomedigest.com/ 值得点赞,英语好的同鞋可以参考参考,不知道国内的灵感是不是来自这个,但是平心而论,国内的做得已经水平不次于国外的了。 很感谢这些人,为大众做着科普的事情,有许多人把今天的生命科学比做几十年前的计算机产业,当年,计算机还是庞然大特,像供神一样地供在一间特殊的房间,多么像今天的测序仪呀。而牛津纳米孔,直接把测序仪缩小到了手持设备的级别,简直从当年的大型机飞跃到了今天的智能手机呀!相信未来,测序仪会像手机一样人手一部来检测自己的各项基因、蛋白和代谢指标,这才是精准医学嘛。

继续阅读 →

qiime2和美国肠道计划学习笔记

qiime2正在从一个单纯的marker gene分析软件向代谢组学和基因组学发展,并且,正逐步形成一个生态系统,方便任何开发者为之开发插件。.qza和.qzv其实是标准的zip格式,可以方便解压得到数据,和之前一直以为的qiime2是封闭的,不让人把数据解开的印象完全不一样嘛。

继续阅读 →

guthealthy镜像使用笔记

发现一个中国疾控中心的工作人员zhangwen2001做的一个docker,刚好最近在分析肠道微生物的数据,学习学习。动用我的自以为比较厉害的搜索和查找信息的能力,终于找到了镜像文件。从运行命令来看,这是一个perl脚本,打开来看了一下发现基本上是把各个软件的串联起来,对于我这个perl门外汉也能看懂,窃喜。作者的代码已经注释的相当清楚

继续阅读 →