qiime2和美国肠道计划学习笔记

qiime2正在从一个单纯的marker gene分析软件向代谢组学和基因组学发展,并且,正逐步形成一个生态系统,方便任何开发者为之开发插件。.qza和.qzv其实是标准的zip格式,可以方便解压得到数据,和之前一直以为的qiime2是封闭的,不让人把数据解开的印象完全不一样嘛。

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guthealthy镜像使用笔记

发现一个中国疾控中心的工作人员zhangwen2001做的一个docker,刚好最近在分析肠道微生物的数据,学习学习。动用我的自以为比较厉害的搜索和查找信息的能力,终于找到了镜像文件。从运行命令来看,这是一个perl脚本,打开来看了一下发现基本上是把各个软件的串联起来,对于我这个perl门外汉也能看懂,窃喜。作者的代码已经注释的相当清楚

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几个肠道微生物检测方法的对比

由安吉莉娜·茱莉助推的基因检测仍在持续火热,蓝海逐步成为红海。而早就有人把目光投向了肠道微生物群的检测,最近一段时间ncs的接力发表足以说明它的火热,检测公司国外有ubiome等,国内也有多家公司进行这个检测。下面,我们来管中窥豹,看看几个检测方法的比较,只说我用搜索引擎找到的公司,无任何偏好性。

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