纳米孔16S测序数据分析之blast/last/minimap2流程

最近有朋友和我交流纳米孔16S测序数据的分析,发现真的没有从头完成过一次这方面的数据分析,然后发现这方面的资料也比较少,于是学习一下,和大家分享。坦白说,牛津纳米孔测序技术在16S多样性研究方面还是有些不足的,只能说勉强够用,主要应用场景是在一些现场快速检测方面,主要是病原菌这种。但是,相信随着测序准确度的提高和分析软件的改进,相信它的应用会越来越多。感谢互联网的便利和分享精神,今天的我们可以方便地获得测序的原始数据,并可以自由进行分析。

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肠道微生物与体温

共生微生物的热生产是一种普遍现象,因为所有的动植物都含有丰富的微生物,所有微生物都会产生热量。微生物产生的热能与其他身体产的热结合,在温血动物中,温度将由良好的反馈系统控制。虽然微生物产生热能的重要性尚未得到研究,但其贡献可能具有深远的意义。它可以帮助温血动物避免低温在寒冷的气候是体温过低,并为冷血动物(外温动物)提高体温。在这方面,与生活在寒冷环境中的动物(可能也是人类)相比,在寒冷环境中进化是否选择了产生更多热量的微生物群,这将是有趣的。

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viome肠道微生物检测笔记

最近在 肠道产业 微信公众号看到了这家公司的消息,之前一直是ubiome的消息,这反映了这样一个真理呀,行业老大的知名度才高,这老二老三知道的人就很少了。好像前面也了解过这家公司的一点信息,但是由于它是做健康生活方式管理 的,没怎么认真看。现在,趁着这个机会,学习一下这家公司的相关情况,做个笔记分享给大家。

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Viome肠道测试揭示的10个肠道微生物组事实

没有一个微生物组是相同的,这就是为什么一个人的肠道健康不仅取决于微生物丰富度和多样性的数量,还取决于他们执行的独特功能的平衡。凭借Viome的20个肠道微生物组评分来衡量消化效率,蛋白质发酵,肠道屏障健康等,用户能够确定需要优化的功能,并发现最适合食用的食物,以达到并保持健康的平衡。

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[译]肠道微生物群在大肠癌多步进展过程中的意义

越来越多的证据表明,肠道微生物与人类CRC的发展有关。对肠道微生物的全面表征对于评估其作为CRC早期诊断标记物的潜力是非常重要的。在这篇综述中,我们总结了CRC相关细菌及其在动物模型、人类细胞系和人类队列中的致癌机制的最新研究。高通量测序技术促进了人类样本中CRC相关细菌的鉴定。

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[译]肠道微生物具有与人类相同的血型

1900年Landsteiner首先认识到ABO血型系统的存在。从那时起,ABO系统的抗原(分别是A,B和H决定簇)被证明包含复杂的碳水化合物结构。通过糖基转移酶的顺序作用合成A和B抗原,A和B糖基转移酶分别催化N-乙酰半乳糖胺和D-半乳糖加成前体H抗原。O组个体缺乏这样的转移酶,仅表达基本的H结构。每个红细胞上大约有200万个ABH糖链抗原位点。此外,ABH抗原在其他人类细胞和组织中广泛表达,包括感觉神经元、上皮细胞、血管内皮和血小板。

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ubiome类似数据dada2处理探索7

接着前面的内容,这里再进行下数据库的处理,看看从参考数据库就按测序数据处理是不是能提高物种注释的精度。这里先预报一下,种的分类结果并不能有明显的提升,或许是因为序列长度的缺陷,即使再努力提高技巧,终究不能解决根本的问题,250bp的长度,对比1500bp左右的全长,显然还是太短了,难以实现精确的分类,所以,要想更精确,只有上16S全长,这只能寄望于Pacbio,Oxford Nanopore,和10x linked reads或者类似的技术,比如华大的sLtFR等技术提升读长了。再激进些,等测序成本足够低,上宏基因组,宏转录组了。

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