ubiome类似数据dada2处理探索2

还是接着之前的事说,首先,在researchgte网站上发现了一个小“新大陆”,说可以把不能很好拼接的数据直接N连接处理。这里就先按软件默认的加几个N了,虽然拼接率有3%。。。然后,找到了直接加N的软件,不重复造轮子,自己写拼接脚本还是要费半天时间的,不如用工具,既好又准。

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使用melonnpan通过扩增子或宏基因组测序数据有效预测微生物群落的代谢图谱

热心肠研究院的这个介绍让我对这个软件产生了好奇,我决定学习一下这个软件的使用,看看它和picrust的区别在哪,picrust2刚刚发布,看看是棋逢对手还是略胜一筹呢。后来发现,好吧,最后发现一个实验室开发的。。。区别在于一个是完全基于已知的参考数据库,而这个目标是发现是大多数(>60%)未注释基因家族与代谢物相对丰度的关联。

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R包decontam学习笔记

这两天的工作都是从早上打开热心肠日报开始的,不得不说基本上每天干货满满呀,每天一篇给力的综述的节奏。ps,发现ubiome的科学家和志愿者也在维护着一个国外版的热心肠日报,地址放在这:https://microbiomedigest.com/ 值得点赞,英语好的同鞋可以参考参考,不知道国内的灵感是不是来自这个,但是平心而论,国内的做得已经水平不次于国外的了。
很感谢这些人,为大众做着科普的事情,有许多人把今天的生命科学比做几十年前的计算机产业,当年,计算机还是庞然大特,像供神一样地供在一间特殊的房间,多么像今天的测序仪呀。而牛津纳米孔,直接把测序仪缩小到了手持设备的级别,简直从当年的大型机飞跃到了今天的智能手机呀!相信未来,测序仪会像手机一样人手一部来检测自己的各项基因、蛋白和代谢指标,这才是精准医学嘛。

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