使用melonnpan通过扩增子或宏基因组测序数据有效预测微生物群落的代谢图谱

热心肠研究院的这个介绍让我对这个软件产生了好奇,我决定学习一下这个软件的使用,看看它和picrust的区别在哪,picrust2刚刚发布,看看是棋逢对手还是略胜一筹呢。后来发现,好吧,最后发现一个实验室开发的。。。区别在于一个是完全基于已知的参考数据库,而这个目标是发现是大多数(>60%)未注释基因家族与代谢物相对丰度的关联。

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R包decontam学习笔记

这两天的工作都是从早上打开热心肠日报开始的,不得不说基本上每天干货满满呀,每天一篇给力的综述的节奏。ps,发现ubiome的科学家和志愿者也在维护着一个国外版的热心肠日报,地址放在这:https://microbiomedigest.com/ 值得点赞,英语好的同鞋可以参考参考,不知道国内的灵感是不是来自这个,但是平心而论,国内的做得已经水平不次于国外的了。
很感谢这些人,为大众做着科普的事情,有许多人把今天的生命科学比做几十年前的计算机产业,当年,计算机还是庞然大特,像供神一样地供在一间特殊的房间,多么像今天的测序仪呀。而牛津纳米孔,直接把测序仪缩小到了手持设备的级别,简直从当年的大型机飞跃到了今天的智能手机呀!相信未来,测序仪会像手机一样人手一部来检测自己的各项基因、蛋白和代谢指标,这才是精准医学嘛。

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qiime2和美国肠道计划学习笔记

qiime2正在从一个单纯的marker gene分析软件向代谢组学和基因组学发展,并且,正逐步形成一个生态系统,方便任何开发者为之开发插件。.qza和.qzv其实是标准的zip格式,可以方便解压得到数据,和之前一直以为的qiime2是封闭的,不让人把数据解开的印象完全不一样嘛。

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