最近决定从gcloud转移至腾讯云,虽然谷歌云良心地让我一美元试用了一年,可是那价格十几个美元实在承受不住,于是决定回归国内的腾讯云。国外的vultr、搬瓦工虽然很便宜,延迟不得了,虽然说有什么亚洲专线,我还是不相信了,而且,大部分是限制流量的,不是固定带宽包月。而腾讯云香港的机房延迟还可以接受,还可以访问全部的互联网内容。虽然这几天腾讯云刚出现了数据丢失的事件,但是阿里云市场份额超过50%这不是什么好事情,有竞争才会有良性发展,否则我们就会像被滴滴宰一样被阿里云宰了,所以我决定支持腾讯云。用腾讯云绑定了coding.net之后还送了我100的优惠券,综合划下来只要30一个月了,虽然比不得学生套餐,也是知足的了。
今天安装wafergen的qpcr数据分析软件,遇见了个比较奇葩的问题,一个依赖的软件,怎么也装不上,才开始怀疑是java版本的问题,后来在一台电脑上没有java一样可以安装成功。后来,有人无意中发现了解决方案。用好压把这个压缩包打开,里面是两个文件,估计一个是用于检查符不符合软件安装环境和条件,另一个是真正的安装软件。于是,解压,直接安装这个大点的文件就可以了。
最近在github上找到一个ubiome的原始数据,包含多个身体部位的,尝试分析一下,看看能获得什么结果。经历了那么多的安装坑,发现还是docker的安装方式最方便有效、节省时间,特别是换上国内的加速源之后。虚拟机太占资源,而且总感觉虚拟机不够真实,conda安装完竟然也总是报错,特别是更新2个月一次如此频繁的qiime2。
7个月的时光悄悄溜过,2018真的已经过…
《茶花女》 《官场现形记》 《二十年…
最近有点好奇,仅次于qiime的Mothur,用起来感觉如何,于是决定尝试下。虽然qiime还没有学会学透,但人活着就要折腾嘛,否则与咸鱼有什么区别,哈哈。
华为荣耀4x是一款很经典的千元机,质量ok,硬件还凑活,高通410处理器A53,支持64位,2G ram,却苦于存储rom只有8g,可用存储随着升级到安卓6.0日渐不足(<4g),在微信、QQ以及支付宝们每个软件都要占用1g以上的情况下,完全不能满足使用了,于是换成了有墨水屏的双屏手机海信A2PRO,可惜海信也是不积极更新系统的主,也不开放bootloader和源代码,算了,不提了,至少墨水屏可以满足日常使用了,知足了。
HLA基因,位于6号染色体上短臂上,长约4000Kb。HLA是目前所知人体最复杂的遗传多态性系统,有几十个基因座位,每个基因座位又有几十个等位基因,且呈共显性表达。由于MHC基因位于同一条染色体上,其多基因座位上的基因型组合相对稳定,很少发生同源染色体间交换,这就构成了以单元型(HAPLOTYPE,即在同一条染色体上紧密连锁的一系列等位基因的特殊组合)为特征的遗传。按中国人常见的A座位基因有13个,B座位基因有30个计算,可组成的单元型约有13×30=390种之多。
snp2hla是大名鼎鼎的Broad研究所开发的,通过snp分型数据来获得HLA分型信息的软件。它的准确度主要依赖于一个尽可能大的,针对特定民族人群的参考数据集。
手头上有一台树莓派3b,一直没怎么使用,除了做点下载用,但是基于不能远程控制,花生壳内网穿透用着还不错,但是免费版本只能用两个端口,完全不够用啊,于是想自己搞一个。正好,手头有一台google云服务器,一年免费试用版,充一美元使用最低配置一年,相当划算,而且,不会像亚马逊一样乱扣费,所说用于机器学习的英伟达GPU云服务器也可以免费用,只是苦于自己知识水平不够呀。
之前有个软件SNP2HLA可以把snp芯片的结果转化成HLA分型的,软件数据库里面还有中国人的数据集,相对准确,可以分到每个基因座两位,准确度因基因座而不同,还有个网站,也可以实现将23andme等的结果提取出HLA型。