qiime2-cli更新学习笔记

qiime1已经不更新的维护,虽然可以使用,毕竟已经有点过时。学习qiime2还是相当必要的,毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速,以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了,所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。

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guthealthy镜像使用笔记

发现一个中国疾控中心的工作人员zhangwen2001做的一个docker,刚好最近在分析肠道微生物的数据,学习学习。动用我的自以为比较厉害的搜索和查找信息的能力,终于找到了镜像文件。从运行命令来看,这是一个perl脚本,打开来看了一下发现基本上是把各个软件的串联起来,对于我这个perl门外汉也能看懂,窃喜。作者的代码已经注释的相当清楚

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《垃圾DNA》读后感

最近《垃圾DNA》英文名《junk DNA》这本书被我在地铁上翻完了,这是一本科普书籍,目标是让每一个人来了解我们人类在基因组学领域取得的进展与无尽的未知。作为一个生命科学行业的从业人员,我也觉得有读的必要,因为毕竟每一个生科人的专业不同,除了基因组学方面的博士,恐怕没有人了解的有这本书的知识这么多,领域这么广的。

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让自己的服务器运行jupyter notebook 和Rstudio

Rstudio的大名想必不用说,我觉得在建站服务器上使用Rstudio,也可以完成大部分R语言的学习,以及处理小数据。jupyter notebook,以前叫ipython notebook,同样是大名鼎鼎的网页ide,可以实现各种强大的功能,包括运行在集群之上,以及qiime2的的自定义数据分析。

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ssl不求人

找了好多博客,想用cerbot搞好ssl证书,然后实现无忧开启https,发现几乎所有的教程都用不起来,不是这报错就是那报错,于是找到官方文档,选择ubuntu16.04和nginx,三条命令就搞定了,关键时候还是官网靠得住,特别是这种更新特别快的软件。地址如下:

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