用脚本和linux命令简单统计了一个这个消费级基因检测芯片的60万位点的分布情况。
最近生信技能树抽奖，中了一个基因检测试剂盒，挺开心的，给我老婆检测了一下，恭喜她成为我们家第一个有基因检测数据的人，感谢陕西图灵生物的奖品。检测是采用消费级基因检测常用的snp芯片，60万位点，拿到的结果大概有13M左右的样子。
几种有益的菌种，或许是未来的益生菌，了解一下！
一直对一代天骄的成吉思汗怀有深深地敬意，他及他的儿子孙子们横扫千军，一直杀到了欧洲，这是唯一一次立足于蒙古的政权一统亚欧大陆，脚踏俄罗斯，成为世界霸主。然而，比较 遗憾的是他的早逝，让蒙古帝国难以继续它的辉煌，迅速地丢掉他治下的大块领土，百年而灭。
肠道内大约有1000-1500种细菌，每个个体有160种左右的优势种。肠道菌群在人一生中分三个阶段：婴幼儿快速变化期，成人稳定期和老年退化期。
由安吉莉娜·茱莉助推的基因检测仍在持续火热，蓝海逐步成为红海。而早就有人把目光投向了肠道微生物群的检测，最近一段时间ncs的接力发表足以说明它的火热，检测公司国外有ubiome等，国内也有多家公司进行这个检测。下面，我们来管中窥豹，看看几个检测方法的比较，只说我用搜索引擎找到的公司，无任何偏好性。
1.Feature表统计 继续我的qii…
把fastq和fastq.gz数据放在工作文件夹q2studio并不识别，也可能是我的文件命名规律不符合软件的识别规律，不管怎样，为了尝试下图形界面，还是把数据导入qiime做成qza格式试试吧，有点无奈，还是回到了命令行。这个按我上次的那个python脚本解决，https://jiawen.zd200572.com/278.html 。
在装好了q2studio后很困惑，所有的插件都是灰色的，即使切换到有数据的文件夹，一直以为是我的报错（$JAVA_HOME找不到）导致的。由于报错，我还尝试了好几个版本进行测试，可是悲剧的是都有问题，于是祭出杀手锏，上虚拟机了哈哈。比conda还要简单，当然性能也就相对差点了。先运行起来学会再说。于是尝试先试试官方给的那个例子，理解一下是个什么原理。
自从知道了qiime2有了图形界面，一直期待自己能安装测试一下，无奈安装了ubuntu和debian两个linux发行版都在npm安装包的过程中报错失败了，看官网的截图是ubuntu的，我却没有成功。于是我总觉得我的黑果应该可以安装成功。