HLA基因,位于6号染色体上短臂上,长约4000Kb。HLA是目前所知人体最复杂的遗传多态性系统,有几十个基因座位,每个基因座位又有几十个等位基因,且呈共显性表达。由于MHC基因位于同一条染色体上,其多基因座位上的基因型组合相对稳定,很少发生同源染色体间交换,这就构成了以单元型(HAPLOTYPE,即在同一条染色体上紧密连锁的一系列等位基因的特殊组合)为特征的遗传。按中国人常见的A座位基因有13个,B座位基因有30个计算,可组成的单元型约有13×30=390种之多。
snp2hla是大名鼎鼎的Broad研究所开发的,通过snp分型数据来获得HLA分型信息的软件。它的准确度主要依赖于一个尽可能大的,针对特定民族人群的参考数据集。
手头上有一台树莓派3b,一直没怎么使用,除了做点下载用,但是基于不能远程控制,花生壳内网穿透用着还不错,但是免费版本只能用两个端口,完全不够用啊,于是想自己搞一个。正好,手头有一台google云服务器,一年免费试用版,充一美元使用最低配置一年,相当划算,而且,不会像亚马逊一样乱扣费,所说用于机器学习的英伟达GPU云服务器也可以免费用,只是苦于自己知识水平不够呀。
之前有个软件SNP2HLA可以把snp芯片的结果转化成HLA分型的,软件数据库里面还有中国人的数据集,相对准确,可以分到每个基因座两位,准确度因基因座而不同,还有个网站,也可以实现将23andme等的结果提取出HLA型。
用脚本和linux命令简单统计了一个这个消费级基因检测芯片的60万位点的分布情况。
最近生信技能树抽奖,中了一个基因检测试剂盒,挺开心的,给我老婆检测了一下,恭喜她成为我们家第一个有基因检测数据的人,感谢陕西图灵生物的奖品。检测是采用消费级基因检测常用的snp芯片,60万位点,拿到的结果大概有13M左右的样子。
几种有益的菌种,或许是未来的益生菌,了解一下!
一直对一代天骄的成吉思汗怀有深深地敬意,他及他的儿子孙子们横扫千军,一直杀到了欧洲,这是唯一一次立足于蒙古的政权一统亚欧大陆,脚踏俄罗斯,成为世界霸主。然而,比较 遗憾的是他的早逝,让蒙古帝国难以继续它的辉煌,迅速地丢掉他治下的大块领土,百年而灭。
肠道内大约有1000-1500种细菌,每个个体有160种左右的优势种。肠道菌群在人一生中分三个阶段:婴幼儿快速变化期,成人稳定期和老年退化期。