qiime2 view镜像网站等你来用

没事的时候,翻github,发现了qiime view网站的源代码是公开的,可以静态布署。手上有个云服务器,前几天又获得了一个免费域名qiime2.cn,于是做了一个镜像网站view.qiime2.cn,分享给需要的人。服务器在重庆,国内延时很小,打开完全速度稍慢,应该是服务器性能的原因,如果需要用这个功能,官方网站又打开特别慢的话,可以考虑下我这个镜像。

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qiime2+picrust1学习笔记

一直迷惑于如何把qiime2和picrust结合起来用来分析16S的数据,直到这两天,看到了微生太公众号的视频教程,才有了眉目,原来如此。详细视频教程可以查找相关公众号获得。前面看到picrust2已经处于beta状态了,其可以嵌入于qiime2中,使用更方便,可是我的试用结果却差强人意,或许是我的使用过程有问题。之前使用picrust1网页版(Glaxy平台,不是三星的那个,是个生物信息云平台软件系统)分析的效果还可以,于是决定用picrust1再试试。

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[译]如何理解你的肠道微生物检测报告和数据

作者提到了在国外几个较早的肠道菌检测机构和平台,美国肠道计划AGP,uBiome,Atlasbiomed,这三家,是西方人能做的其中几个。
然后,作者强调了HLA的重要性,举了几个例子,如类风湿,与Prophyromonas(拟杆菌门)相关。强直性脊柱炎与HLA-B27的关系,与Kleibsiella菌属感染有关。多发性硬化症,疲劳综合征与支原体;莱姆病与包柔氏螺旋体相关,HLA-DR15,16可抵抗。HLA-DR4可抵抗沟鞭藻类的感染,其他的还有比如23andme把HLA分型用于预测牛皮癣的概率。
插句题外话,如果你有snp芯片的原始数据,可以娱乐性的帮你分出你的HLA型,准确率不够高,但是也能用了。地址在这:https://jiawen.zd200572.com/hla/HLA%E5%88%86%E5%9E%8B%E5%99%A81.html

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