探索一个消费级基因检测结果——HLA

之前有个软件SNP2HLA可以把snp芯片的结果转化成HLA分型的，软件数据库里面还有中国人的数据集，相对准确，可以分到每个基因座两位，准确度因基因座而不同，还有个网站，也可以实现将23andme等的结果提取出HLA型。下面我测试一下：

1、网站

网站的方法，简单易行，虽然可能准确度有点问题，先试试。http://hla.nicokist.com/

之前找到过一次，现在找不到了，github是个东西，终于在上面找到了，ps他最近被微软收购了，不知未来如何啊。话说这个网页是采用HIBAG这个R包实现的，看名字应该是个中国人或者华人写的，点赞一个！

话说这个芯片的数据有部分是sgi开头的，估计是公司自己加上去的，不清楚是什么含义的情况下，先用一个超级简单的python脚本去掉，脚本如下：

fout = open('ywc-drop-sgi.txt', 'w')

with open('ywc.txt') as f:
	for line in f:
		if line.startswith('sgi'):
			continue
		else:
			fout.write(line)

fout.close()

好吧，还是不行，去掉没有分出结果的‘–’的位点，还是报错。很遗憾地表示，不管怎样修改数据格式，就是说不能读取23andMe数据（Error: Could not read 23andMe data file.），只好放弃了。看它的示例数据只有A、B、C三个基因座的结果，结果准确性偏低的。

今天逛wegene论坛又发现一个可以将wegene的数据转换成23的，试试行不行，地址地这：http://joshua.galaxy.42dna.com/wgto23/

竟然成功了，结果类似上面的，虽然只有01， 0.59和0.85的准确率。

2、SNP2HLA

这个软件安装比较简单的，下载下来直接用。