aspera要out了?

1.关于anaconda

最近比较令人无语的是anaconda的镜像一个接一个的倒下,商业公司的东西有时真的是很不靠谱,这也是我们为什么相信开源。

2.关于Aspera(ascp)

这同样是一个IBM的商业软件,NCBI购买了授权,所以我们可以开心地使用,感受极致的网速,但是,今天翻看NCBI的sra-toolkit的github,发现ncbi已经不建议使用ascp直接下载sra数据库的数据了。给出的原因是:

https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Avoid-using-ascp-directly-for-downloads they are likely to only retrieve a portion of the data required. prefetch knows how to download the principal file and any auxiliary data that are needed to complete it for offline operation.

ascp只能获取一部分数据,而sra-toolkit能获取所有相关数据。而且,ascp不支持https,见下图:

最重要的一点是,2019年初,sra开始采用新形式的存储介质?对Aspera的协议将没什么用处,并且存储在这些介质里的文件可能不能通过ascp获取而导致报错。

不过,介于国内的境外网速情况,我觉得暂时Aspera还是可堪一用的。而且,我发现使用prefetch还是调用Aspera协议来进行下载的,这让我迷惑了。

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