Sliverwork图形化流程使用笔记

图形化生信分析是未来趋势,已经有多家公司开发了生信分析的图形化解决方案,既有云计算,也有分析一体机,但是好像基本上都推广的不怎么成功。有其封闭性的原因,还有可能是售价太高,对一般公司来说不如多招个生信工程师更划得来,后者还能解决具体问题,比如软件运行过程中的报错,不同要求的个性化分析。
这里,我试用了一下Sliverwork,也是一个图形化界面的产品,他的优点是开放式的,可以把自己的流程移植到这个产品。据其介绍,采用了主流的vue前端,以及docker化的后台,灵活地既可以安装在本地服务器或者云服务器。不知道这个产品的发展会怎么样,毕竟,一个产品的成功不仅需要好的设计,还需要时机,价格等各方面的因素,甚至还要一些运气成分在里面。
这里,他们把jimmy大神刚发的新RNA-seq GATK流程放在了这个产品上,有幸体验了一把,不再需要自己安装软件,不用输入命令,只需要点下开始就能直接运行出结果的感觉不要太爽了。下面是使用过程:

1.界面初探

整个界面看起来还是比较美观和简洁的,首页是资源监控界面,左侧依次有几个栏目,第一项是分析流程,有两个子项目,一个是列表,有流程的细节和参数设置,看RNA-seq的流程和jimmy大神的脚本是一致的。另一个项目是新建流程,试了下是可以建立流程的,但是需要对这个系统比较熟悉,不知道这里bug多不多,是不是对好多流程都比较适合。比如那无数的软件和包配置。服务节点配置,可以管理多个服务器;自动化任务,可以实现自动化无人值守地运行。样本信息,不表,文件管理,做的不怎么界面友好,运行分析过程,就是我今天体验的主要项目了。剩下的项目还有自动拆分,根据index拆分数据等。总的来说,功能还是比较全面的,考虑到了各方面的需求。

资源监控界面

分析流程列表,这里可以修改运行参数。

自己新建一个流程有些难度

自己新建一个流程有些难度,需要设置运行命令,如下图所示。

分析任务还是需要命令输入

文件管理做的不怎么易用和界面友好,有待改进。

2.试用RNA-seq流程

第一次选择了一个样本运行,报了之前见过的一个GATK错误,可能是样本数据问题。对于新手来说,最怕的就是软件报错后找不到解决方案,于是卡壳在一个地方。这里有个疑问报错后的解决是不是可以更方便的解决,特别是如果不是参数方面的,是软件配置信赖方面的。第二次运行成功,耗时4个小时左右,速度还算可以接受,当然如果有GATK加速就更好了。已经有图形界面,就暂时别要自行车了。

点开每个运行阶段是运行的实际命令行和日志,可以看到每运行一步就从docker注销。

总结一下,对于常见的软件和流程,只要不是特别复杂,这个系统应该可以解决流程的简便化和图形化,但是流程建立的难度有多大,是不是我们每个人可以方便地改成适合自己的,如果需要的话。NGS数据分析之所以难度大,门槛高,一个很重要的原因就是不像简单的序列数据分析一样有各种商业化软件,图形化和商业软件,未来可期!

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