简介
picrust2 beta既可以单独安装,也可以以qiime2-PICRUST2插件方式安装和使用,两者都可以在linux和Mac上运行,windows请使用虚拟机。
请注意,与PICRUSt1元基因组预测步骤相比,使用默认流程和ASV并使用PICRUSt2管道生成分层的输出表(通过贡献序列分解的预测)需要更多的计算资源。至少需要16GB的内存,几个小时(取决于你的CPU核心数和输入样本数目)。如果使用非默认方法将ASV放入参考树中,则内存需求较低(本教程中对此进行了介绍)。官方推荐使用conda方式进行安装:
#安装好conda后使用下面命令新建一个环境
conda create -n picrust2 -c bioconda -c conda-forge picrust2=2.2.0_b
conda activate picrust2
基本的qiime2-PICRUST2插件可以从官网找到安装方式,这个插件可以嵌入qiime2的分析流程中,使用