2019年主流测序仪参数对比

大浪淘沙,好多基因测序仪厂家已经被历史的车轮甩在了滚滚红尘里,还余下几家大的公司屹立在市场上,有的正在垄断市场(Illumina),有的是正在急速掘起的翘楚(Oxford Nanopore, Pacbio),还有的是国产的希望(华大智造)。今天,让我们来再看一下它们主流机器的参数,来对比下机器的性能。

华大智造

在“川建国”同志的大棒下,贸易摩擦日益严重的今天,有必要支持一下国产测序仪,虽然不确定里面进口原器件占多少比例,至少它在今天还能为我们所用。听闻和Illumina已经开始诉讼大战,不知这一场该如何收场。虽然华大没有长读长的测序技术平台,不过我看到,其开发的和10X Genomics 超长Linked-Reads相媲美的技术(stLFR,)可以曲线实现读长的增长,虽然依然存在GC偏好性问题。在基因测序仪的认证方面,华大走在了前面,医院的应用正在增长,期待未来华大给我们更多的惊喜。
下面来看下华大的测序仪的性能信息:

来源,华大智造官网(https://www.mgitech.cn/product/sequencer.html

Illumina & PacBio

Illumina已经收购了PacBio,成为兼有长短读长的公司,后面把两个产品结合在一起,继续垄断市场的节奏。发现好多技术和产品初创于英国,比如创始于剑桥的Solexa(Illumina测序技术的源头),Sanger测序和PacBio,ARM,最后却又被美国公司把技术发扬光大。

数据来源,illumina官网(https://www.illumina.com.cn/systems/sequencing-platforms.html )。可以看出,相比华大平台,Ilumina平台可以实现更长读长250PE,用于测16S等微生物样本具有一定优势。

PacBio平台,Sequel II平台运行CLR (continuous long read)文库,采用10h的运行时间,单张芯片平均产出高达75Gb;而运行Hifi文库 (highly accurate long reads),采用30h的运行时间,单张芯片平均产出高达250Gb,较前一代Sequel平台有显著提升,据说准确度也有所提升。

Oxford Nanopore

nanopore正在逐渐提高准确性,包括使用不同的建库方法和测两次的方法,以及不同版本的芯片混合使用,使测序精度达到95%+。

资料来源,官网(https://nanoporetech.com/cn/products/comparison )。

Thermo Ion Torrent

Ion Torrent作为一家半导体测序技术的独苗,号称是准三代测序,可是由于其对多聚碱基的测序准确度太差,一般只有科研院所的特殊需求在使用。

资料来源,官网(https://www.thermofisher.com/cn/zh/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-run-sequence/ion-s5-ngs-targeted-sequencing/ion-s5-specifications.html )。

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