QIIME2又双叒叕更新了

更新亮点都有啥呢？大概是几个命令和以前不一样了。以下是发布详细信息：

QIIME 2 2020.6 版本现已发布！感谢所有参与的辛勤工作！

提醒一下，我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 8 月发布 （QIIME 2 2020.8），但请继续关注更新。

查看QIIME 2 2020.6 文档 有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题，请与QIIME 2论坛取得联系！

虚拟机镜像将在未来一周的某个时候更新！

重大更改

• q2-diversity
  • core_metrics_phylogenetic： 参数已重命名，以适应目前正在使用的 unifrac 新的快速实现n_jobs或者n_jobs_or_threads
  • core_metrics & core_metrics_phylogenetic：该短语正在替换 ，因为observed features更好地描述了用户在 QIIME 2 中使用非分类功能的不同方式（OTU 是一个feature，但feature不一定是 OTU) observed_features和observed_otus
  • core_metrics & core_metrics_phylogenetic：不再接受零或负整数作为参数。用户应传递给这些参数以使用所有可用的物理内核n_jobs``n_jobs_or_threads``auto

发布亮点：

• QIIME 2 框架
  • 进一步开发，这将允许插件开发人员展示他们的插件操作的使用实例，一个不可知的界面方式！
    这包括：

  Usage API
  

  • 启用初始化数据的源跟踪
  • 添加初始化数据收集的方法

  • 改进了测试工具中的一些开发人员文档。

  • 提高文件名的验证级别，以防止创建具有错误命名数据文件的项目。

• 文档

  • 向我们展示了如何在Moving Pictures教程中的Artifactpeek
  • 将一个部分添加到“导入教程“中，用于序列中具有条形码的multiplexed fastq文件。
  • 阐明了qiime tools view和 q2view 的行为
  • 为使用Windows的Linux 子系统添加了用户的本机安装说明
  • 添加了一些粗糙的指南，用于选择最适合您的计算需求的安装方法
  • 在 Atacama 教程中添加了子采样和样本筛选工具的示例q2-demux
  • 更改了建议的措辞，将 vega 编辑器用于 q2 纵向变化图以反映当前实现
  • 几个小错别字被修正
  • 彻底改变了用户文档托管基础结构。
• 数据资源
  • 添加了与 QIIME 2 一起使用的 SILVA 138 序列和分类文件格式。数据是使用 RESCRIPt 编制和格式化的（与RESCRIPt共同开发)!有关这些文件如何生成以及重现此过程的流程的更多详细信息，请参阅本教程！
  • 为 Greengenes 13_8 版本和 SILVA 138 版本添加了新的预训红尘的分类器（两者是最新版本），使用 scikit 学习 0.23.1 进行训练。这些分类器是使用 RESCRIPt 以新方式构建和测试的！
• q2cli
  • 修复了一条错误消息： 一个小拼写错误可能会导致令人惊讶的混乱！
  • 合并在使用 API CLI 驱动程序的第一次迭代中。对于开发人员来说，这应该被视为”预发布”，直到使用 API 和使用示例更加成熟。敬请期待在未来版本中在此领域执行更多操作！
• QIIME 2 工作室 2
  • 修复了尝试导入数据时出现的错误！
• q2 功能分类器
  • 说明了我们为什么我们没有blast分类器的多线程选项
  • 在extract-reads操作中添加了一个trim-right选项，允许在 3′ 端修剪模拟读取。这对于 （例如，模拟来自 q2-dada2 的读取的修整选项）非常有用，以生成最佳修剪的参考序列以进行分类器训练，如此处所述，
  • 改进了extract-reads的文档！
  • 使用 scikit -learn 0.23.1 训练新的功能分类器
• Q2-phylogeny
  • 添加了一种新方法，robinson-foulds用于比较两个进化树！
• q2-cutadapt
  • 添加了对混合方向的间向测序multiplex reads的支持
• q2-composition
  • 修复了ancom 一个错误！可视化有 （意外） 试图除以零的倾向。
  • 删除了指向 ancom 绘图上的 vega 编辑器的链接， 等待 vega 5 的情节返工。
• Q2-feature-table
  • 向merge方法添加了一些使用示例！
  • 添加了在表中重新命名要素或示例的新方法
  • 修复了导致summarize可视化效果有时显示扭曲的列宽度的错误
  • 删除了对汇总图上的 vega 编辑器的链接， 等待 vega 5 的情节返工
• Q2-alignment
  • 添加了一个新操作 ，mafft-add允许将未比对的序列添加到现有对齐方式
• Q2-quality-filter
  • 合并q-score和q-score-joined到相同的方法 （q-score），并弃用q-score-joined。此方法将在 QIIME 2 的 2020 秋季版本中删除。
• Q2-quality-control
  • 添加了一种新方法filter_reads，该新方法支持通过SampleData[SequencesWithQuality]和SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]比对到引用数据库来筛选和工件（也称为 FASTQ 序列数据）。你怎么能用这个？在去噪或重复之前筛选人类reads和其他非目标（或垃圾）序列。
  • 过渡并使用alpha_phylogenetic和alpha_rarefaction，这是以前在alpha_phylogenetic_alt和alpha_phylogenetic_alt 中提供的速度和内存优化实现。 将在下一个版本中删除。
• q2-diversity
  • 添加了一个新的测试版多样性指标jensenshannon！
  • 连接q2-diversity- lib 以执行core-metrics和core-metrics-phylogenetic的 alpha 和 beta 多样性计算。有关相关API 更改，请参阅上面的”中断更改”。
  • 修复了允许 0 方差数值列筛选器bioenv导致错误的错误。
• q2-diversity-lib
  • 此插件计算 alpha 和 beta 多样性度量，酌情扩展可用语义类型的数量，并提供特定于度量的引文信息。
• q2-types
  • 添加了新的转换器，用于以有趣和有趣的方式处理每个样本序列
  • 添加了更多比对序列转换器
• q2-vsearch
  • 修复了cluster-features-closed-reference方法中的性能错误，导致某些用例具有潜在的显著加速。
  • 添加了一个很棒的新可视化工具fastq_stats， 用于使用 vsearch 将单端或配对端序列蒸馏到 FASTQ 文件统计信息中！
  • 添加了所有 vsearch 方法接受短于 32nt 的序列的能力
  • 设置--fasta_width 0，在调用的 vsearch 命令上，以防止快速记录跨多行拆分
• q2-longitudinal
  • 从波动性图中删除了指向 vega 编辑器的链接
• q2-demux
  • 返工汇总可视化效果，以更好地通知用户缺少的reads
• q2-dada2
  • 将伪池添加到所有 DADA2 工作流中，允许用户增加对样品中稀有变体（尤其是单体）的敏感性，只要在其他样本中独立观察这些变异。
  • 更正了一个错误，其中仅包含一个功能的功能表被错误地诊断为空。
• q2-sample-classifier
  • 给测试套件一些急需的 Tlc 与慷慨的重构。
• q2-emperor
  • 更新到最新版本 1.0.1 1

  • 修复了双图箭头在可视化并行绘图时会错误地显示的问题。

  • 修复了在分类数据中部分使用连续和发散颜色图的问题。

  • 修复了具有排序数值和非数值的 Bug。

  • 修复了轴设置无法从 Python API 正确加载的问题。

  • 更新了各种依赖项。

  • 添加了选择一组示例并保存示例名称到用户剪贴板的能力。为此，用户需要按住Shift键并选择他们感兴趣的示例：

  [

• 添加了对非混合混合方向单索引读取的支持。

快乐QIIMING!