QIIME2又双叒叕更新了

更新亮点都有啥呢?大概是几个命令和以前不一样了。以下是发布详细信息:

QIIME 2 2020.6 版本现已发布!感谢所有参与的辛勤工作!

提醒一下,我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 8 月发布 (QIIME 2 2020.8),但请继续关注更新。

查看QIIME 2 2020.6 文档 有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息,以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题,请与QIIME 2论坛取得联系!

虚拟机镜像将在未来一周的某个时候更新!


重大更改

  • q2-diversity
    • core_metrics_phylogenetic: 参数已重命名,以适应目前正在使用的 unifrac 新的快速实现n_jobs或者n_jobs_or_threads
    • core_metrics & core_metrics_phylogenetic:该短语正在替换 ,因为observed features更好地描述了用户在 QIIME 2 中使用非分类功能的不同方式(OTU 是一个feature,但feature不一定是 OTU) observed_featuresobserved_otus
    • core_metrics & core_metrics_phylogenetic不再接受零或负整数作为参数。用户应传递给这些参数以使用所有可用的物理内核n_jobs``n_jobs_or_threads``auto

发布亮点:

  • QIIME 2 框架
    • 进一步开发,这将允许插件开发人员展示他们的插件操作的使用实例,一个不可知的界面方式!
      这包括:
    Usage API
    
    • 启用初始化数据的源跟踪
    • 添加初始化数据收集的方法

    • 改进了测试工具中的一些开发人员文档。

    • 提高文件名的验证级别,以防止创建具有错误命名数据文件的项目。

  • 文档

    • 向我们展示了如何在Moving Pictures教程中的Artifactpeek
    • 将一个部分添加到“导入教程“中,用于序列中具有条形码的multiplexed fastq文件
    • 阐明了qiime tools view和 q2view 的行为
    • 为使用Windows的Linux 子系统添加了用户的本机安装说明
    • 添加了一些粗糙的指南,用于选择最适合您的计算需求的安装方法
    • 在 Atacama 教程中添加了子采样和样本筛选工具的示例q2-demux
    • 更改了建议的措辞,将 vega 编辑器用于 q2 纵向变化图以反映当前实现
    • 几个小错别字被修正
    • 彻底改变了用户文档托管基础结构。
  • 数据资源
    • 添加了与 QIIME 2 一起使用的 SILVA 138 序列和分类文件格式。数据是使用 RESCRIPt 编制和格式化的(与RESCRIPt共同开发)!有关这些文件如何生成以及重现此过程的流程的更多详细信息,请参阅本教程!
    • 为 Greengenes 13_8 版本和 SILVA 138 版本添加了新的预训红尘的分类器(两者是最新版本),使用 scikit 学习 0.23.1 进行训练。这些分类器是使用 RESCRIPt 以新方式构建和测试的
  • q2cli
    • 修复了一条错误消息: 一个小拼写错误可能会导致令人惊讶的混乱!
    • 合并在使用 API CLI 驱动程序的第一次迭代中。对于开发人员来说,这应该被视为”预发布”,直到使用 API 和使用示例更加成熟。敬请期待在未来版本中在此领域执行更多操作!
  • QIIME 2 工作室 2
    • 修复了尝试导入数据时出现的错误!
  • q2 功能分类器
    • 说明了我们为什么我们没有blast分类器的多线程选项
    • extract-reads操作中添加了一个trim-right选项,允许在 3′ 端修剪模拟读取。这对于 (例如,模拟来自 q2-dada2 的读取的修整选项)非常有用,以生成最佳修剪的参考序列以进行分类器训练,如此处所述
    • 改进了extract-reads的文档!
    • 使用 scikit -learn 0.23.1 训练新的功能分类器
  • Q2-phylogeny
    • 添加了一种新方法,robinson-foulds用于比较两个进化树
  • q2-cutadapt
    • 添加了对混合方向的间向测序multiplex reads的支持
  • q2-composition
    • 修复了ancom 一个错误!可视化有 (意外) 试图除以零的倾向。
    • 删除了指向 ancom 绘图上的 vega 编辑器的链接, 等待 vega 5 的情节返工。
  • Q2-feature-table
    • merge方法添加了一些使用示例!
    • 添加了在表中重新命名要素或示例的新方法
    • 修复了导致summarize可视化效果有时显示扭曲的列宽度的错误
    • 删除了对汇总图上的 vega 编辑器的链接, 等待 vega 5 的情节返工
  • Q2-alignment
    • 添加了一个新操作 ,mafft-add允许将未比对的序列添加到现有对齐方式
  • Q2-quality-filter
    • 合并q-scoreq-score-joined到相同的方法 (q-score),并弃用q-score-joined。此方法将在 QIIME 2 的 2020 秋季版本中删除
  • Q2-quality-control
    • 添加了一种新方法filter_reads,该新方法支持通过SampleData[SequencesWithQuality]SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]比对到引用数据库来筛选和工件(也称为 FASTQ 序列数据)。你怎么能用这个?在去噪或重复之前筛选人类reads和其他非目标(或垃圾)序列
    • 过渡并使用alpha_phylogeneticalpha_rarefaction,这是以前在alpha_phylogenetic_altalpha_phylogenetic_alt 中提供的速度和内存优化实现。 将在下一个版本中删除。
  • q2-diversity
    • 添加了一个新的测试版多样性指标jensenshannon
    • 连接q2-diversity- lib 以执行core-metricscore-metrics-phylogenetic的 alpha 和 beta 多样性计算。有关相关API 更改,请参阅上面的”中断更改”。
    • 修复了允许 0 方差数值列筛选器bioenv导致错误的错误。
  • q2-diversity-lib
    • 此插件计算 alpha 和 beta 多样性度量,酌情扩展可用语义类型的数量,并提供特定于度量的引文信息。
  • q2-types
    • 添加了新的转换器,用于以有趣和有趣的方式处理每个样本序列
    • 添加了更多比对序列转换器
  • q2-vsearch
    • 修复了cluster-features-closed-reference方法中的性能错误,导致某些用例具有潜在的显著加速。
    • 添加了一个很棒的新可视化工具fastq_stats, 用于使用 vsearch 将单端或配对端序列蒸馏到 FASTQ 文件统计信息中!
    • 添加了所有 vsearch 方法接受短于 32nt 的序列的能力
    • 设置--fasta_width 0,在调用的 vsearch 命令上,以防止快速记录跨多行拆分
  • q2-longitudinal
    • 从波动性图中删除了指向 vega 编辑器的链接
  • q2-demux
    • 返工汇总可视化效果,以更好地通知用户缺少的reads
  • q2-dada2
    • 将伪池添加到所有 DADA2 工作流中,允许用户增加对样品中稀有变体(尤其是单体)的敏感性,只要在其他样本中独立观察这些变异。
    • 更正了一个错误,其中仅包含一个功能的功能表被错误地诊断为空。
  • q2-sample-classifier
    • 给测试套件一些急需的 Tlc 与慷慨的重构。
  • q2-emperor
    • 更新到最新版本 1.0.1 1

    • 修复了双图箭头在可视化并行绘图时会错误地显示的问题。

    • 修复了在分类数据中部分使用连续和发散颜色图的问题。

    • 修复了具有排序数值和非数值的 Bug。

    • 修复了轴设置无法从 Python API 正确加载的问题。

    • 更新了各种依赖项。

    • 添加了选择一组示例并保存示例名称到用户剪贴板的能力。为此,用户需要按住Shift键并选择他们感兴趣的示例

    [notes

  • 添加了对非混合混合方向单索引读取的支持。

快乐QIIMING!

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