qiime2学习笔记(二)

导入数据之后便是质控了。

这次不用测试数据了,用实际数据跑一下,所以同样重复之前的步骤,把fastq文件压缩下,然后,生成样本数据列表(ps.不知道fastq文件不压缩可不可以用,有空试下)。

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qiime2学习笔记(一)

最近学习肠道微生物方面的知识,有一部分测序数据需要学习分析。鉴于qiime已经升级为qiime2,还有了图形版本,真是越来越人性化了,但是图形版本还处于原型阶段,测试安装两次以失败告终,可能是我的系统是deepin,通用性不好,如果在原生的ubuntu或许可以安装成功。话说qiime2已经在今年1月份代替qiime1成为官方支持版本,qiime1已经停止维护了,我表示对于我这种几乎没有qiime1使用经验的人来说,直接上手qiime2也不错。

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ASA芯片的探索

gsa芯片作为一款消费级基因检测市场上具有较高性价比的芯片,已经成为国内外多家基因检测公司的首选,不得不承认illumina的强大。毕竟,这是人家的看家本领,二代测序技术还是买来的呢。说句题外话,发现好多技术原创于英国,比如arm,纳米孔测序,sanger测序。。。最近,gsa芯片已经升级为ASA芯片,增加了许多位点,那么,我们来看下,ASA相比GSA的变化在哪呢?

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