我简单处理了下otu序列和表,使它们能导入qiime2,应该是一行shell代码解决的,shell水平不行,python来顶了。
继续之前[未完成的笔记](https://mp.weixin.qq.com/s/Zw-4DasNB7ZBWmKZGQquow),前面实现了使用qiime2-dada2插件初步探索,结果以无敌的报错失败告终,这里进入R包,更灵活地处理数据,下面是我的详细步骤。
还是接着之前的事说,首先,在researchgte网站上发现了一个小“新大陆”,说可以把不能很好拼接的数据直接N连接处理。这里就先按软件默认的加几个N了,虽然拼接率有3%。。。然后,找到了直接加N的软件,不重复造轮子,自己写拼接脚本还是要费半天时间的,不如用工具,既好又准。
从科研的角度讲,肠道微生物的研究依然大热,cns大作文章层出不穷,带来新的idea和见解,另一方面,微生物产业却道路曲折
picrust2 beta既可以单独安装,也可以以qiime2-PICRUST2插件方式安装和使用,两者都可以在linux和Mac上运行,windows请使用虚拟机。
QIIME 2 2019.7 昨天发布了,让我们来看一下更新了哪些内容。下一次更新在2019.10下旬,请持续关注。虚拟机镜像更新将在下周放出。
尝试再现Nano-Ampli文章的数据分析过程,由于原始数据不完整,可能有参数没列出等原因,没有成功再现出结果,理了理流程,欢迎大家指正,交流。
身处这样一个互联网时代,应当感恩技术带来的便利,从在一个地方不远游就只能是井底之蛙,到今天互联网让我们不出门知天下事,当然,假消息也有。虽然现在许多事和技能仍然需要项目实践,但是不得不说,知识已经不再是一种稀缺的资源,需要时间训练的技能才是。我们应该充分利用好这个时代提供给我们的便利,努力学习和思考。
q2cli 1.在查看插件的详细信息时清…