[译]如何理解你的肠道微生物检测报告和数据

作者提到了在国外几个较早的肠道菌检测机构和平台,美国肠道计划AGP,uBiome,Atlasbiomed,这三家,是西方人能做的其中几个。 然后,作者强调了HLA的重要性,举了几个例子,如类风湿,与Prophyromonas(拟杆菌门)相关。强直性脊柱炎与HLA-B27的关系,与Kleibsiella菌属感染有关。多发性硬化症,疲劳综合征与支原体;莱姆病与包柔氏螺旋体相关,HLA-DR15,16可抵抗。HLA-DR4可抵抗沟鞭藻类的感染,其他的还有比如23andme把HLA分型用于预测牛皮癣的概率。 插句题外话,如果你有snp芯片的原始数据,可以娱乐性的帮你分出你的HLA型,准确率不够高,但是也能用了。地址在这:https://jiawen.zd200572.com/hla/HLA%E5%88%86%E5%9E%8B%E5%99%A81.html

继续阅读 →

探索消费级基因检测–祖源

祖源是消费级基因检测比较感兴趣的问题,今天我也来学习一下那如何做一个简陋的祖源分析。使用的是SPA(Spatial Ancestry analysis)这个软件,在google中搜索基因型填充无意中搜到了这个软件,由几个作者写成,第一作者还是华人,有点骄傲,可惜没有针对中国人或者东亚人的模型,只有世界和欧洲人的模型,瞬间又觉得有点失落,好在许多中国公司在积累了几万以上的数据后也开始进行中国人自己的模型构建,而且做得还不错。

继续阅读 →

qiime2和美国肠道计划学习笔记

qiime2正在从一个单纯的marker gene分析软件向代谢组学和基因组学发展,并且,正逐步形成一个生态系统,方便任何开发者为之开发插件。.qza和.qzv其实是标准的zip格式,可以方便解压得到数据,和之前一直以为的qiime2是封闭的,不让人把数据解开的印象完全不一样嘛。

继续阅读 →

继续学习–生信

最近从图书馆借了《生物信息学(第2版)》国防科大刘伟主编的,继续我的学习之路。我是图书馆有啥新书就借来读读,一来比较喜欢新书,二来这书好像也不怎么热,能借得到,虽然好多内容是重复,也有新东西可学的快感,顺便复习一下也不错。这次,我看到了weka,学习一下!

继续阅读 →