首个宏基因组版本–Qiime2 2023.9发布啦

小编汇总的发布重点:

  • 第一次支持宏基因组,测试版本
  • QIIME 2 Tiny版本,适合高阶玩家
  • 普鲁克分析:评估物种-环境/功能关联度

计划的下一个QIIME 2版本计划于2023年2月发布(QIIME2 2023.12)。

重要发布

  • 新的QIIME 2发行版

    • QIIME 2发行版是旨在协同工作的插件集合,并围绕某个主题进行分组。
    • 截至 2023.9,QIIME 2 核心分布被称为 QIIME 2 扩增子改造版。这反映了这个插件集合旨在支持微生物组标记基因扩增子数据分析(例如,16S,ITS,COI,18S,…)。
    • 我们还发布了QIIME 2 Shotgun Distribution的第一个alpha版本,这是一个旨在支持微生物组Shotgun宏基因组学数据分析的插件集合。该工作流程支持端到端的鸟枪法宏基因组学分析,包括读段的功能和分类鉴定,以及重叠群和宏基因组组装基因组的组装。这应被视为测试版本,尚不应用于实际数据分析。我们正在发布此内容,以开始收集早期用户的反馈,了解哪些功能运行良好,哪些效果不佳,以及应包含哪些内容。我们将很快以教程的形式发布更多详细信息。我们特别想了解QIIME 2霰弹枪分析工作流程生成的结果与标准工作流程生成的结果相比如何,因此请随时分享!
    • 我们还发布了FMT发行版。此发行版将包含运行 q2-FMT 所需的一切。允许在 q2-FMT 仍处于 alpha 开发阶段时轻松使用它。
    • 最后,我们发布了QIIME 2 Tiny Distribution。这是一组最小的 QIIME 2 功能集合,用于通过 QIIME 2 命令行构建和使用插件,旨在供希望使用最小 QIIME 2 环境的开发人员使用。
  • q2-gneiss弃用通知

    • 不再被积极维护,已从QIIME 2扩增子分布中完全去除。

该版本的亮点:

  • qiime2

    • 添加了对kebab-case-keys项目缓存的支持 (小编注释:字符串格式的一种,也称为短线连接命名法、短横线命名法、中横线命名法等,它是一种用短横线连接各个单词组成的命名格式。在kebab-case中,单词之间是用短横线”-“连接的,类似烤肉串形状)

    • 将 provenance_lib 的功能(以前是 Qiime2 环境中的独立软件包)集成到 Qiime2 框架和 CLI 中。

  • q2-demux

    • 添加了将解复用序列划分为较小工件集合的操作

    • 修复了一些弃用警告

    • 添加了tabulate-read-counts,从各种解复用序列类型生成ImmutableMetadata工件,该序列类型描述了每个样本观察到的读取数。这些信息以前只能在summarize可视化中提供,因此很难将这些信息整合到下游分析中(例如,根据获得的序列数量对PCoA图中的点进行着色)。

  • Q2-多样性

    • 增加了对修改后的Procrustes分析的支持,其中计算的变换可以拟合在两个点上,然后应用于其他点(普鲁克分析,评估物种-环境/功能关联)
  • Q2 特征分类器 2

    • 允许在 Blast 中选择性地使用预先索引的数据库
  • Q2-功能表 1

    • 添加了合并FeatureTable[PresenceAbsence]

    • 将可选的Metadata和Collection[FeatureData[Taxonomy]]添加到tabulate-seqs可视化中。这简化了比较多种分类分配方法(例如不同的数据库)的结果,并将该信息放在序列旁边以便于BLASTing,以了解NCBI的想法。更多功能信息即将发布到此可视化中。快乐的功能探索!

  • Q2-质量控制 8

    • 添加一个新的管道操作decontam-indentify-batches,该操作对表进行子集化,对表子集运行去污染,然后在易于阅读的图形中可视化这些表
  • Q2 类型

    • 将特征图从 q2 类型基因组学迁移到 q2 类型
  • 用户文档 6

    • 更新了每个新QIIME 2发行版的安装说明和详细信息

阅读原文:QIIME 2 2023.9 is now available! – Announcements – QIIME 2 Forum

本篇文章来源于微信公众号:微因

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