有向后不兼容接口更改，QIIME 2 2024.2 来啦

2024年2月22日 写评论

今年 12 月，QIIME 2 团队选择放弃计划的 2023.11 版本，转而减少拉取请求的长队列并开发一些新功能。

有关 2024.2 中计划中的向后不兼容接口更改的完整详细信息，以及最新的环境文件可以在此处找到！[1]

QIIME 2 2024.2 版本现已发布！感谢所有参与者的辛勤工作！

提醒一下，我们计划的下一个 QIIME 2 版本计划于 2023 年 5 月发布（QIIME 2 2023.5），但请继续关注更新。

查看QIIME 2 2024.2 文档[2]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题，请在 QIIME 2 论坛上联系！

Docker 镜像将在本周晚些时候构建。

重要：QIIME 2 2024.2 中的界面更改

在 2024.2 版本中，以下接口更改已生效（如前所述[3]):

  • 配置要使用的线程数/CPU 数的所有现有操作参数都已更改为**Threads类型，以便标准化有效输入。使 QIIME 2 中与并行化相关的参数**的一致性，并且在接口（如 Galaxy）需要管理并行化而不是用户管理并行化的上下文中非常重要。
  • q2-vsearch插件中的merge-pairs方法现在通过--o-unmerged-sequences选项输出未合并的读取。调用qiime vsearch merge-pairs现在需要提供--o-unmerged-sequences或提供--output-dir。
  • feature-table插件中的summarize方法不再接受FeatureTable[RelativeFrequency]语义类型作为输入。在审查内容后，我们意识到所呈现的大部分信息（例如，汇总的特征频率）都没有意义（他们没有错，只是没有有意义的解释）。
  • feature-table插件中的subsample方法已重命名为subsample-ids，以避免与 rarefy和 *-rarefaction方法混淆。

以下是该版本的亮点：

Distribution Updates[4]

  • 将 RESCRIPt 添加到扩增子发行版中

  • 将 q2-fondue 和 q2-vsearch 添加到 Shotgun 发行版中

  • 从 Shotgun 分发中删除了 q2-types-genomics，作为统一 q2-types 和 q2-types-genomics 的更大更新的一部分（有关此更改的更多详细信息，请参阅 q2-types）

框架更新[5]

  • 修复了允许在现有目录中创建缓存的 bug

  • 修复了 OSX 用户在尝试使用无关联引用时由 tmpdir 清理导致的回收错误的问题

  • 在 parsl 配置中添加了对更多 parsl 功能的支持

  • 可以重放包含 ResultCollections 的源，而以前 provenance replay 不支持这些源。

接口更新

  • q2cli[6]

    • 添加了qiime tools cache import，允许将数据直接导入到 cli 上缓存中的工件的命令

    • 修复了一个 bug，该 bug 使无法启动键控集合成员输入的路径~

    • 在import和cache-import 命令上公开--validate-level选项，允许用户自定义验证导入数据的程度。这对于导入非常大的数据集非常有用，因为完全验证时间过长。python API 中也公开了相同的参数。qiime tools import对于存在最少验证器的格式，--validate-level min可用于相对于默认 （--validate-level max） 加快导入速度。如果您希望看到对不存在的最小验证器--validate-level min的支持，请在q2-types[7]上提交问题。在您的问题中，请包含有关带参数和不带参数的qiime tools import命令运行时的详细信息。

    • 修复了与元数据文件与元数据列参数关联的错误处理中的missing metadata-file错误，该错误在未提供metadata-column参数时会产生错误

  • q2view[8]

    • 修复了不允许使用新的 Dropbox URL 加载工件/可视化的问题

插件更新

  • q2-assembly[9]

    • 添加了对assemble-megahit 、index-contigs 和map-reads-to-contigs 操作的并行支持

  • q2-cutadapt[10]

    • 公开了demux-paired 和demux-single 命令上的--p-cut选项，以支持具有 poly-N 尾部的库

    • 在demux-single 和demux-paired 命令中添加了对锚定适配器的支持，以提高置信度和更快的解复用速度

  • q2-dada2[11]

    • 修复了denoise-paired一个错误，即在过滤和去噪步骤后，序列为零的样本被丢弃，但在合并和后续步骤后保留了序列为零的样本。这些样本现在从结果表中删除，但保留在去噪统计信息中

  • q2-demux[12]

    • 修复了demux summarize导致 NaN 出现在可视化中的 bug

  • q2-diversity[13]

    • 从core-metrics 和core-metrics-phylogenetic中的emperor plot公开了参数ignore_missing_samples。这允许用户在使用任一核心指标管道时处理其元数据文件中缺少其输入表中存在的样本的情况

  • q2-diversity-lib[14]

    • alpha-diversity更新为依赖 API 并基于每个样本biom.Table执行 alpha 计算（避免转换为全密集矩阵）

  • q2-feature-classifier[15]

    • classify-consensus-vsearch进行了更改，从而减少了内存负载和运行时间

    • 提高了基于置信度的物种分类预测的效率和性能

  • q2-功能表[16]

    • 添加了返回要素频率、样本频率和汇总可视化的管道**summarize-plus**，以及对原始summarize可视化的一些数字格式改进

    • 修复了tabulate-seqs序列上的超链接未链接到 BLAST 的问题

    • 添加了所有过滤方法的--p-allow-empty-table参数（即filter-samples，filter-features和filter-features-conditionally），如果提供的过滤参数导致空表，则默认引发错误

  • q2-moshpit[17]

    • 添加了对classify-kraken2操作的并行支持

  • q2-quality-control[18]

    • 修复了decontam-identify用户元数据中不允许使用特殊字符的 bug

  • q2-sample-classifier[19]

    • 在classify-*和regress-*操作中添加了对其他 FeatureTable 类型（即 RelativeFrequency、PresenceAbsense、Composition）的支持

  • q2-types[20]

    • 扩展了 ProteinFASTAFormat 允许的字母表，以包括 U、O、J 和所有小写字符

    • 将所有类型/格式/转换器/等从 q2-types-genomics 迁移到 q2-types。这提高了不同发行版之间的兼容性。

  • q2-vsearch[21]

    • 公开输出--o-unmerged-sequences，允许用户将未合并的双端读取保留为工件，以便进一步分析

    • 向命令公开了--p-strand选项，以添加cluster-features-de-novo对混合方向读取的支持

文档更新

  • 组织范围

    • 更新了《行为准则[22]》和《贡献指南》[23]

  • 用户文档

    • 在词汇表中添加了rarefy 和rarefaction 的定义

    • 更新了动态图片和帕金森小鼠教程，将 ANCOM 示例/命令替换为 ANCOM-BC

  • 开发者文档[24]

    • 更新了本地展现/开发的说明
参考资料
[1]

有关 2024.2 中计划中的向后不兼容接口更改的完整详细信息，以及最新的环境文件可以在此处找到！: https://forum.qiime2.org/t/interface-changes-coming-in-2024-2-and-a-test-build-of-the-current-qiime-2-distributions/28672

[2]

QIIME 2 2024.2 文档: https://docs.qiime2.org/2024.2/

[3]

如前所述: https://forum.qiime2.org/t/interface-changes-coming-in-2024-2-and-a-test-build-of-the-current-qiime-2-distributions/28672

[4]

Distribution Updates: https://github.com/qiime2/distributions

[5]

框架更新: https://github.com/qiime2/qiime2

[6]

q2cli: https://github.com/qiime2/q2cli

[7]

q2-types: https://github.com/qiime2/q2-types/issues

[8]

q2view: https://github.com/qiime2/q2view

[9]

q2-assembly: https://github.com/bokulich-lab/q2-assembly

[10]

q2-cutadapt: https://github.com/qiime2/q2-cutadapt

[11]

q2-dada2: https://github.com/qiime2/q2-dada2

[12]

q2-demux: https://github.com/qiime2/q2-demux

[13]

q2-diversity: https://github.com/qiime2/q2-diversity

[14]

q2-diversity-lib: https://github.com/qiime2/q2-diversity-lib

[15]

q2-feature-classifier: https://github.com/qiime2/q2-feature-classifier

[16]

q2-功能表: https://github.com/qiime2/q2-feature-table

[17]

q2-moshpit: https://github.com/bokulich-lab/q2-moshpit

[18]

q2-quality-control: https://github.com/qiime2/q2-quality-control

[19]

q2-sample-classifier: https://github.com/qiime2/q2-sample-classifier

[20]

q2-types: https://github.com/qiime2/q2-types

[21]

q2-vsearch: https://github.com/qiime2/q2-vsearch

[22]

行为准则: https://github.com/qiime2/.github/blob/main/CODE-OF-CONDUCT.md

[23]

《贡献指南》: https://github.com/qiime2/.github/blob/main/CONTRIBUTING.md

[24]

开发者文档: https://github.com/qiime2/dev-docs


本篇文章来源于微信公众号:微因

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