guthealthy镜像使用笔记

发现一个中国疾控中心的工作人员zhangwen2001做的一个docker,刚好最近在分析肠道微生物的数据,学习学习。动用我的自以为比较厉害的搜索和查找信息的能力,终于找到了镜像文件。从运行命令来看,这是一个perl脚本,打开来看了一下发现基本上是把各个软件的串联起来,对于我这个perl门外汉也能看懂,窃喜。作者的代码已经注释的相当清楚

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《垃圾DNA》读后感

最近《垃圾DNA》英文名《junk DNA》这本书被我在地铁上翻完了,这是一本科普书籍,目标是让每一个人来了解我们人类在基因组学领域取得的进展与无尽的未知。作为一个生命科学行业的从业人员,我也觉得有读的必要,因为毕竟每一个生科人的专业不同,除了基因组学方面的博士,恐怕没有人了解的有这本书的知识这么多,领域这么广的。

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让自己的服务器运行jupyter notebook 和Rstudio

Rstudio的大名想必不用说,我觉得在建站服务器上使用Rstudio,也可以完成大部分R语言的学习,以及处理小数据。jupyter notebook,以前叫ipython notebook,同样是大名鼎鼎的网页ide,可以实现各种强大的功能,包括运行在集群之上,以及qiime2的的自定义数据分析。

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ssl不求人

找了好多博客,想用cerbot搞好ssl证书,然后实现无忧开启https,发现几乎所有的教程都用不起来,不是这报错就是那报错,于是找到官方文档,选择ubuntu16.04和nginx,三条命令就搞定了,关键时候还是官网靠得住,特别是这种更新特别快的软件。地址如下:

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一个VPS折腾笔记

最近决定从gcloud转移至腾讯云,虽然谷歌云良心地让我一美元试用了一年,可是那价格十几个美元实在承受不住,于是决定回归国内的腾讯云。国外的vultr、搬瓦工虽然很便宜,延迟不得了,虽然说有什么亚洲专线,我还是不相信了,而且,大部分是限制流量的,不是固定带宽包月。而腾讯云香港的机房延迟还可以接受,还可以访问全部的互联网内容。虽然这几天腾讯云刚出现了数据丢失的事件,但是阿里云市场份额超过50%这不是什么好事情,有竞争才会有良性发展,否则我们就会像被滴滴宰一样被阿里云宰了,所以我决定支持腾讯云。用腾讯云绑定了coding.net之后还送了我100的优惠券,综合划下来只要30一个月了,虽然比不得学生套餐,也是知足的了。

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软件安装问题记录

今天安装wafergen的qpcr数据分析软件,遇见了个比较奇葩的问题,一个依赖的软件,怎么也装不上,才开始怀疑是java版本的问题,后来在一台电脑上没有java一样可以安装成功。后来,有人无意中发现了解决方案。用好压把这个压缩包打开,里面是两个文件,估计一个是用于检查符不符合软件安装环境和条件,另一个是真正的安装软件。于是,解压,直接安装这个大点的文件就可以了。

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