做了个简陋的网页娱乐版HLA分型

可以用snp芯片数据(wegene、23mofang、illumina(ASA、GSA)和affimetrics的均可)实现HLA分型,任意的SNP芯片,只要位点数足够即可(几十万)。

由于本人几乎没有前端和后台水平,所以应用相当简陋,请谅解。请把数据命名为邮箱地址.txt,如zd@163.com.txt
请选择并上传你的芯片数据文件(及扩展数据,可选)即可完成HLA分型。使用的建站gcloud进行的,配置只有单核1.6G,HLA分型器会耗时30min左右,请耐心等待,结束后以结果以邮件形式发送到你的邮箱。
是采用大神开发的snp2hla进行分型的,具体过程可参考我的博客:https://jiawen.zd200572.com/431.html
snp2hla是大名鼎鼎的Broad研究所开发的,通过snp分型数据来获得HLA分型信息的软件。它的准确度主要依赖于一个尽可能大的,针对特定民族人群的参考数据集。这个网页采用的是2014年发表的东亚人群的参考数据集,部分准确度约为80%。由于不同芯片的数据中HLA区域位点的数目不同,可能获得的结果有n多候选,请悉知。
做这个纯属个人爱好,原始数据和结果将在得出结果后删除。也可以按软件说明自己搞,也挺简单的。
联系邮箱
zd200572#163.com(#->@)
阅读原文即可开始分型。
地址也放在这:
https://jiawen.zd200572.com/hla/HLA%E5%88%86%E5%9E%8B%E5%99%A81.html
应该比这个HIBAG包做的好点:http://hla.nicokist.com/

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