最近发现生信技能树VIP论坛群里在讨论jupyter lab这么一个工具，内心想尝试一下，毕竟一个好工具或许就可以改变你的学习态度和进程，工欲善其事，必先利其器嘛。我使用了这个工具之后，感觉又重新燃起了对R语言的学习热情呢。当然，手上的技能树讲义讲得好也至关重要。下面就说说我安装使用这个工具遇到的一点问题和解决的过程。
最近发现PRS是近两年比较热门的领域，从科学家对糖尿病等几种疾病的评分，到23andme对糖尿病的评估，发表的文章也越来越多，有必要学习一下他的基本过程。这里找到了一个比较详细的教程，学习和记录一下。教程是一个毕业于香港大学的博士写的，还是PRS分析软件PRSice-2的作者之一，地址放在这：https://choishingwan.github.io/PRS-Tutorial/ 。这篇教程是以同作者发表在生物预印本上的一篇文章为蓝本写的，教程更加详细，示例数据和步骤详尽，可以保证每个人从头重复到尾，而且分别介绍了三种方法的使用，值得学习一下。教程需要R语言和plink，以及LDpred和lassosum软件。
幽门螺杆菌是一个令许多国人谈之色变的话题，特别是当它被证实是一个较强的致癌因子之后。今天，我们对它的认识在加深，只有caga毒力基因阳性的菌株才有强致癌性，而且，身体里有幽门螺杆菌的人，还被发现不容易过敏和胃食管返流。所以，现在普遍认为，只有毒力基因检出时才有必要根除。还有研究发现幽门螺杆菌的易感性与个体的基因有关。
我们注意到肠癌，日渐成为大家关注的话题，由于它难以被发现，并且越晚发现治疗效果越差，正逐渐成为大家关注的焦点。最近一直在关注肠癌早筛方面的内容，查阅了一些资料，记一下笔记，备忘，并分享一下！
这是一篇2015年发表在cell上的文章，虽然有点老，但是研究的内容依然具有参考价值，这里仔细读了一遍，分享一下！
热心肠研究院的这个介绍让我对这个软件产生了好奇，我决定学习一下这个软件的使用，看看它和picrust的区别在哪，picrust2刚刚发布，看看是棋逢对手还是略胜一筹呢。后来发现，好吧，最后发现一个实验室开发的。。。区别在于一个是完全基于已知的参考数据库，而这个目标是发现是大多数(>60%)未注释基因家族与代谢物相对丰度的关联。
QIIME 2 2019.7 昨天发布了，让我们来看一下更新了哪些内容。下一次更新在2019.10下旬，请持续关注。虚拟机镜像更新将在下周放出。
一直迷惑于如何把qiime2和picrust结合起来用来分析16S的数据，直到这两天，看到了微生太公众号的视频教程，才有了眉目，原来如此。详细视频教程可以查找相关公众号获得。前面看到picrust2已经处于beta状态了，其可以嵌入于qiime2中，使用更方便，可是我的试用结果却差强人意，或许是我的使用过程有问题。之前使用picrust1网页版（Glaxy平台，不是三星的那个，是个生物信息云平台软件系统）分析的效果还可以，于是决定用picrust1再试试。
从导游口中得知，内蒙古分东中西三部分，东部的呼伦贝尔大草原，水草丰茂，是内蒙古最美的地方，只是距离更遥远，成本更高。中部，也就是我这次去的地方，年平均降水量400MM，偏干旱，生态环境相对脆弱，草原容易沙化成沙漠，距离首都北京较近，于是国家搞了精准扶贫，大力发展旅游业，减少畜牲养殖数量，这也是我这次能去此地的原因。许多农牧民加入了合作社，国家补贴恢复草原。虽然眼见的还只是稀疏的草，听当地人说已是多年最好的风光。最西边就是阿拉善沙漠地带了，这里就全是沙漠了，也就是我们每天玩的马首富的蚂蚁森林的所在地，不得不感叹在这件事情上马总的公益性。
这周的六天时间，去了祖国的内蒙古，体验了草原的辽阔，人民的好客，精准扶贫开发的进展。由于报了个以大巴车为主要交通工具的团，行程两千公里以上，跨越半个中国，我突发奇想觉得画个路线图是一个多么好玩的事，于是，我一路上用地图记录经过和几个大的地点，决定使用R语言来画个图看看。