前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据，首先双向reads根据质量情况分别切成120bp，然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接，生成ASV表，再分别使用dada2包和qiime2进行了物种注释，基本上完成了一个最简单的分析过程，这里，使用比较流行的phyloseq包进行下多样性分析。
这篇文章这会拿出来重读是因为，我发现有公司以这篇文章的方法做成了一个肠癌早筛产品，就是前段时间发布的以检测7种菌来进行肠癌早筛的产品。不小心找到了这个公司的专利，结合这篇文章一起学习一下。
2019已经与我们擦肩而过，响应jimmy号召，把总结提前到这两天写好。一份总结，可以从多个方面入手，工作的、学习的（一般也和工作内容相关的）、生活的，主要写下学习方面的吧！
最近有需求需要把很多excel里的引物序…
我简单处理了下otu序列和表，使它们能导入qiime2，应该是一行shell代码解决的，shell水平不行，python来顶了。
继续之前[未完成的笔记](https://mp.weixin.qq.com/s/Zw-4DasNB7ZBWmKZGQquow)，前面实现了使用qiime2-dada2插件初步探索，结果以无敌的报错失败告终，这里进入R包，更灵活地处理数据，下面是我的详细步骤。
还是接着之前的事说，首先，在researchgte网站上发现了一个小“新大陆”，说可以把不能很好拼接的数据直接N连接处理。这里就先按软件默认的加几个N了，虽然拼接率有3%。。。然后，找到了直接加N的软件，不重复造轮子，自己写拼接脚本还是要费半天时间的，不如用工具，既好又准。
从科研的角度讲，肠道微生物的研究依然大热，cns大作文章层出不穷，带来新的idea和见解，另一方面，微生物产业却道路曲折
最近偶然发现不管使用Maru OS(一个通过内置LXC后台运行实现安卓和linux共存的系统)和linux deploy（需要root），使用VNC监视器操作这个手机内置的linux操作系统，因为手机暂时没发现可以以有线网络连接电脑，所以延迟是比较严重的，延迟到几乎不能用的地步。当然，Maru OS在一台支持usb输出hdmi/VGA的手机上，可以直接输出到有线显示屏，这样延迟几乎没有了。估计现在技术的进步，无线投屏也是基本上延迟很小的，比如最近ipad-mac的sidebar。
激进的苹果总是先人一步的进行技术变革，从手机升级64位处理器，到抛弃32位软件。当然，也难免不能考虑工业生产环境的稳定性要求，导致基本上工业没有使用苹果软硬件的（这里特指那种连接机器的工控机等那些需要软件极其稳定的环境）。介于苹果的高冷，不允许别人染指他的利润，除去美国，在全世界只有百分之几的市场份额。