2020，疫情一直相伴，在2021开始之时，回首2020，记录下上一年的所做所想，不忘初心，继续前进！
最近做PRS评分，需要用到连锁不平衡信息，来进行位点筛选，找了好几个工具用于计算连锁不平衡，也发现了个好用的网页工具来进行查询，在这里和大家分享一下！
地址在这，阅读原文也是这个，后面的操作都在这个网页进行的。由于这个网站用到了谷歌的一些组件，可能需要科学上网才能访问。什么，你不会，我有个凑活着用的方式，要不要试试，回复”setup”,给你个小工具。
发现这个软件之前的官网已经打不开，但是在github上仍然在更新，https://github.com/SyntekabioTools/HLAscan或许是换了工作？最近一次更新是2019.12.4，还是比较新的。发现wegene的NGS HLA分型报告是用的这个软件的参考文献，估计还是权威些的。
有个小插曲，是这个软件的名字我竟然搞错了…
宏基因组分析，首先需要的结果是获得物种分类信息，前面我们提到，宏基因组有两种分析方式分别是基于序列比对和组装的，组装对电脑硬件的要求是超级高的，不过比对，就轻松多了，得益于算法的优化，有的软件可以实现在个人电脑上进行分析。最近的“AMD YES”也很给力，把普通个人电脑推向了8核16G RAM这种配置，终于追上了手机（虽然二者性能不可同日而语）。算力有了，充分利用起来呀，来个宏基因组玩玩呀！
这里我的需求是使用miniconda安装的Python，然后系统安装的R语言，然后我想让两个结合在一起使用，发现没有现成的教程，于是自己摸索了下，大概就是内核配置的问题。
生物信息数据分析工具 QIIME(Qua…
宏基因组研究的目的是通过对菌种（株）的鉴定，获得真实的多样性数据，功能，协作和进化。宏基因组分析的三个任务是物种分析（它们是谁），功能分析（能干什么，潜力），比较分析（怎么比较它们）。
最近手上有了一台新的红米笔记本16英寸，r7-4700u-16G的电脑，比起之前的thinkpad E431性能有了不小的提升，八核心八线程，多线程处理速度相比之前的双核4线程要强了不止两倍，虽然同样16DG的内存，频率也从1600MHz DDR3变为2600MHz了，别的不提，只16S降噪生成特征表的步步骤，速度就提升明显，八核心左右的运算任务，暂时就不需要再开云服务进行了。
还是获得16S物种丰度得老问题，最近在一台新机器上安装qiime1，发现有报错，对于这种停止维护的软件，也是正常现象吧，于是想别的办法解决，恰巧最近读R几本R语言的入门书，发现prop.table()这个函数是可以实现相关功能的，于是学习使用下。可能你早已会做这个啦，还是分享一下，看看有没有人需要。